Die Geschichte des Frauenklosters von Blagoweschtschensk beginnt im Jahr 1826, als in dem Dorf Betki im Menzelinskij-Kreis eine Gemeinschaft von Klerikerinnen gegründet wurde. Sechs Jahre später wuchs die Gemeinschaft erheblich, und die ältere Schwester Stefanida Stepanova, die später die erste Äbtissin des Klosters unter dem Namen Igumenia Filareta wurde, wandte sich an Bischof Arkadij Fedorov mit der Bitte, beim Heiligen Synod für die Umwandlung der Gemeinschaft in ein Kloster mit Sitz in Ufa zu intervenieren. 1833 erließ der Synod einen Erlass, der Vorschläge zur Existenzweise des zukünftigen Klosters forderte. Stefanida Stepanova, die bereits mit den Schwestern in Ufa lebte, erwarb mehrere Häuser in der Usolskaja-Straße für den Bau der Abtei.

Im Jahr 1838 genehmigte der Heilige Synod die Eröffnung des Blagoweschtschensk dreiklassigen Frauenklosters in Ufa. 1845 erhielt das Kloster 150 Desjatinen Wiesenland jenseits des Ufa-Flusses sowie 400 Desjatinen, die Jakov Barsov in der Nähe des Dorfes Glumilina geschenkt hatte. Darüber hinaus erhielt das Kloster eine Mühle am Fluss Bir in der Nähe der Stadt Birsk. Zum Kloster gehörten die Kirche des Heiligen Alexander Newski von 1852, die Kirche zu Ehren der Verkündigung der Gottesmutter von 1850 und die Kirche zu Ehren des wundertätigen Iweronischen Gottes Mutter von 1897. Die Abtei war von steinernen Mauern mit Türmen an den Ecken umgeben.

Zu Beginn des 20. Jahrhunderts lebten etwa anderthalbtausend Schwestern im Kloster. 1868 wurde eine Schule für bedürftige Mädchen des geistlichen Standes eröffnet, die vollständig vom Kloster unterhalten wurden. 1892 wurde eine kostenlose Kantine für bedürftige Frauen aus dem alten Teil von Ufa und dem Goldtuchin-Siedlung organisiert.

Mit dem Kommen der sowjetischen Macht wurde das Frauenkloster von Blagoweschtschensk geschlossen, seine Werte konfisziert und die Gebäude wurden als Apothekenlager, Poliklinik und Bäder genutzt. 1930 wurde die fünfkuppelige Blagoweschtschensk-Kirche abgerissen.

Das Kloster wurde am 27. September 1995 auf Antrag des Bischofs von Ufa und Sterlitamak wiedereröffnet und vom Heiligen Patriarchen von Moskau und ganz Russland Alexij II. genehmigt. Im März 1998 wurde das Kloster auf das Gebiet der Nikolai-Kathedrale nach Sterlitamak verlegt. Derzeit ist die Heilige Nikolai-Kathedrale Teil des Frauenklosters von Blagoweschtschensk, auf dessen Gelände sich die Kirche des heiligen großen Märtyrers Theodor Stratilat und die kleine Taufkirche befinden.