В середине 1960-х годов группа энтузиастов, включая Федотова Л.Н. и Иванову К.А., начала собирать экспонаты для будущего музея. Официально музей был основан в 1967 году, когда он начал свою работу, хотя постоянного помещения у него еще не было. Однако уже существовал музейный фонд и огромное желание демонстрировать собранные материалы.

Статус муниципального учреждения музей получил 12 июня 1970 года. В официальных документах его целью было определено активное изучение истории родного края, воспитание любви к Родине, уважение к труду и боевым заслугам земляков. Первым директором музея стала Иванова Клавдия Алексеевна, и для музея выделили старое деревянное двухэтажное здание на улице Свердлова. Здесь активно велась исследовательская и просветительская работа. Был создан Совет музея, в который вошли заведующий городским архивом, специалист по охране памятников, заведующий школьными музеями, представители туристического бюро и Дома пионеров, местные художники и председатели городского Совета ветеранов войны и Общества книголюбов. Председателем Совета стал начальник вневедомственной охраны Иван Антонович Несин, который бесплатно установил сигнализацию. Музей регулярно пополнялся новыми историческими экспонатами, которые легли в основу первых экспозиций по истории города, таких как «Бердск до революции», «Борьба за советскую власть», «Довоенные пятилетки», «Великая Отечественная война», «Новый Бердск» и «Бердск сегодня». В оформлении экспозиций активно участвовала художественная мастерская Бердского радиозавода под руководством Беллы Михайловны Арбит, чьи работы выставлялись на втором этаже музея.

После ухода К.А. Ивановой на пенсию директорами музея были Нина Николаевна Аносова и Надежда Афанасьевна Савоненко. С 1980 года сотрудник О.Г. Ладик начал формировать художественный фонд музея, в который вошли картины, переданные Государственным музейным выставочным центром «РОСИЗО».

В мае 1988 года, благодаря поддержке общественности и председателя Совета ветеранов войны Медведева Е.Е., музей переехал в новое здание на улице Спортивная, 9, где находится до сих пор. С этого момента музей стал «историко-художественным», а его директором назначена Наталья Алексеевна Стародубова. Из 720 кв.м новых помещений музея 307 кв.м было отведено под экспозиции и выставки, а 25,8 кв.м, под хранение фондов, которые продолжали пополняться. Коллекция экспонатов по Великой Отечественной войне значительно увеличилась благодаря работе начальника Поста №1 Мельникова Ивана Андреевича.

В 1991 году музей возглавил Валерий Борисович Веселовский, ранее руководивший музеем школы №5. Он передал большую часть экспонатов школьного музея в городской музей и начал создавать археологическую коллекцию. Находки, обнаруженные в результате раскопок древних могильников на территории Бердска, вошли в археологическую экспозицию. Художественная мастерская БРЗ оформляла выставочные экспозиции по истории и археологии, которые, несмотря на временный характер, просуществовали более 10 лет.

Директора В.Б. Панченко и В.Н. Шахматова, принявшие руководство музеем, сделали его одним из центров культурного просвещения бердчан. Интересные выставки, лекции по истории и искусству, кукольный театр и клуб «Гармония» привлекали посетителей в музейные залы. Одновременно обсуждался вопрос о переносе музея в центральную часть города, который, к сожалению, остался нерешенным.

С 1999 года музеем руководит Пащенко М.Ю., и в этот же год городскому музею были переданы фонды заводского музея Производственного объединения «Вега», которые составляют основу постоянно действующей экспозиции на улице Ленина, 89/8. В этот период здание на улице Спортивной закрывается до 2002 года на капитальный ремонт. В 2003 году торжественно открывается новая и единственная историческая экспозиция музея «Листая Книгу Памяти».

В 2014 году музей после капитального ремонта ввел в эксплуатацию новые помещения на улице Спортивная, 11, с выставочным залом, хранилищем и рабочими кабинетами. В 2016 году музей расширился двумя структурными подразделениями: «Дом дружбы» и мемориальным музеем Народного артиста РФ Владлена Бирюкова, названным «Театр Бирюкова». Музей расположился в новом помещении на улице Кирова, 1, и стал единственным мемориальным музеем, посвященным актерам в Новосибирской области. Он был занесен в «Золотую книгу культуры Новосибирской области» как лучший проект года.

Сегодня музей насчитывает 16,5 тыс. единиц хранения, из которых более 1,5 тыс., художественный фонд. Ежегодно музейный фонд пополняется 300 новыми предметами. Общая экспозиционная площадь всех залов составляет 893,3 кв.м, из которых 209,4 кв.м отведено под хранение. Сотрудники музея ведут исследовательскую работу, получая новые сведения и факты о биографии г. Бердска из государственных архивов. Ежегодно музей проводит более 100 выставок и более 150 мероприятий, включая музейные чтения, творческие встречи, конкурсы, игровые программы и лекции.

Музей инициирует множество городских мемориальных проектов по увековечиванию памяти бердчан. В свои пятьдесят с лишним лет музей полон идей и новых проектов, утверждая, что это лучшее место для встреч и общения.