Основной фонд музея насчитывает около 1300 единиц, а вспомогательный, примерно 2200. Наиболее значимой и интересной для посетителей коллекцией является археологическая, в основе которой лежат предметы, найденные в 1993 году на объекте Кур-толен III в бассейне реки Казым. Это изделия из железа, бронзы и керамики, датируемые VI, VII веками.

Особую гордость Белоярского историко-краеведческого музея составляют уникальные материалы, образцы художественной металлопластики рубежа раннего железного века и раннего средневековья, найденные у озера Кислоры. Среди них бронзовые изображения птиц, животных и человеческих личин.

Художественный фонд музея включает работы Владислава Саввовича Белых, местного художника, автора герба города Белоярского и члена ассоциации «Художники Югры». Он родился 1 февраля 1948 года в селе Няксимволь Березовского района Тюменской области и с 1977 года живёт в Белоярском. Его творчество представлено в частных коллекциях и музеях России, Швейцарии и Англии. В фондах музея хранится около 50 работ Белых, который активно сотрудничает с учреждением с момента его основания, помогая в комплектовании фондов и оформлении экспозиций. Художник участвовал в более чем 20 выставках, из которых 8 были персональными.

Экспозиция музея организована по традиционной для подобных учреждений схеме и занимает два зала. Первый зал посвящён природе и истории автономного округа, с акцентом на обско-угорскую этнографию. Здесь представлены тематические комплексы: «Легенды земли казымской», «Традиционное хозяйство», «Предметы быта», «Декоративно-прикладное искусство», «Детский мир», «Верования и обряды», а также палеонтологические находки. Природоведческая и экологическая темы раскрыты через памятники природы, озёра Светлое и Святое, Государственный биологический заказник «Сорумский» и природный парк окружного значения «Нумто».

Во втором зале посетители могут ознакомиться с историей, современным состоянием и перспективами города Белоярского. Город расположен в историческом месте, где некогда находилось крупное поселение обских угров, а затем русских новопришельцев, Юильский городок. История этого поселения остаётся малоизученной, но известно, что в XV, XVI веках оно существовало как военный центр. Г.Ф. Миллер упоминает его в «Истории Сибири», а Н.А. Абрамов называет его «древним остяцким городком». В конце XVI века казаки построили здесь укреплённое зимовье для сбора ясака, а в начале XVIII века, острог, который просуществовал до 1774 года. Остяцкий городок стал посадом русского острога, насчитывая более сотни построек и существуя до начала XX века. Остатки острога в виде двух башен были перевезены в историко-архитектурный музей Новосибирского Академгородка в семидесятые годы.

Во время автобусной экскурсии по городу гости могут увидеть достопримечательности, которыми гордятся белоярцы: Центр культуры и досуга «Камертон», открытый в 1998 году, городской стадион и спортзал «Олимп», спорткомплекс, шестой микрорайон с ярким оформлением домов, храм Преподобного Серафима Саровского, улица Николая Степановича Барсукова, административное здание НГДУ «РитекБелоярскнефть», школа искусств, мемориальный комплекс, ДК «Газовик» и памятник природы, система озёр Ун-Новыинклор и Ай-Новыинклор, вода которых уникальна по гидрохимическим характеристикам.