Башня получила своё название благодаря тому, что через её ворота проходил крестный ход из кремля к реке Упе. В XVIII веке она была известна как Воскресенская из-за расположенной неподалёку церкви Воскресения на острове между руслами реки.

Именно через эту башню крестный ход спускался на Богоявление для водосвятия.

Башня Водяных ворот, как и другие проездные башни кремля, имеет квадратную форму. Она расположена в северо-восточной части кремлёвской стены. Верхний ярус башни не соединён со стенами кремля, и попасть на него можно только с боевого хода, который примыкает к стенам у башни. Через башню также можно выйти на Казанскую набережную.