Село расположено между двумя озерами. Строительство церкви в селе Байдарское было начато жителями деревень Байдарской, Второ-Байдарской (позже село Байдарское), Ново-Байдарской, которые относились к приходу церкви в селе Спорновском, а также деревни Марайской, входившей в приход церкви в селе Половинском. Причиной возведения нового храма стала удаленность приходских церквей и трудности в сообщении с ними в весенний период. В 1889 году Тобольская духовная консистория выдала храмозданную грамоту. Церковь строилась на средства прихожан и добровольные пожертвования. В 1894 году подрядчик, крестьянин Иван Косыгин, завершил строительство деревянного здания. В следующем году екатеринбургский мещанин Василий Лазарев установил иконостас. 4 ноября 1897 года храм был освящен благочинным Курганских окружных церквей священником Иоанном Редькиным.

Приход был открыт в 1899 году. В церкви один престол во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Особое почитание среди прихожан имеет икона святой мученицы Параскевы. Эта икона была написана по просьбе прихожан в Москве в 1905 году и в августе того же года крестным ходом доставлена в село со станции Варгаши Сибирской железной дороги. В день девятой пятницы почти все прихожане приходят в храм, принося пожертвования деньгами, холстом, шерстью, льном и другими вещами. В этот день в селе проводится крестный ход, а на площади вокруг храма служатся молебны. Приписных церквей и часовен в приходе нет.

На 1913 год в приход Покровской церкви села Байдарского входили деревни: Байдарская, Ново-Байдарская (Заводская), Марайская, Димитриевская, Заложинская и Сумская.