В 1863 году купеческая вдова Наталья Козьмовна Бахарева Каменская решила увековечить память о своем муже, основав женскую обитель в родной деревне Бахаревой. Она пригласила из Серафимо-Дивеевского монастыря послушницу Феодосию Норину, которая организовала и возглавила общину. 30 ноября 1875 года в деревне был освящен храм Покрова, построенный на средства братьев В. Н. и А. Н. Бахаревых, владельцев транспортного предприятия. Н. К. Бахарева, сестра братьев Каменских, также участвовала в строительстве. К концу 1880 года обитель имела богадельню и 47 десятин земли. Е. Д. Харитонова отмечает, что сестры занимались земледелием, рукоделием и производством кирпича. В 1889 году здесь открыли церковно-приходскую школу. В начале 1900-х годов иеромонах Серафим Кузнецов предложил преобразовать богадельню в женский монастырь в честь рождения царевича Алексея Николаевича. Было решено построить новую церковь для общины на выделенной земле. Покровская церковь осталась в пользовании крестьян.

Купеческая вдова монахиня Анастасия Кузнецова стала "строительницей" общины. В июне 1907 года состоялся молебен на месте будущей монастырской церкви, а в Покров была заложена церковь. Строительство началось зимой 1909 года и завершилось к весне. Все расходы взяли на себя П. С. Жернов и его жена. Храм освятили 23 июня 1909 года. В монастыре тогда было 109 сестер.

Летом 1909 года началось строительство монастырских зданий: игуменского корпуса, помещений для сестер и иконописной мастерской. Дома были деревянные на каменном фундаменте. К 1913 году построили два 3-этажных и один 2-этажный дом, баню, прачечную и другие постройки. Был выкопан пруд для разведения рыбы, а в 1915 году проложен водопровод. Монастырь жил самостоятельной жизнью.

После смены власти в 1917 году жизнь монастыря была нарушена. В 1921 году обитель преобразовали в детский санаторий "Подснежник", где за время работы выздоровели более 40 тысяч детей. В 2005 году санаторию присвоили имя Н.Б. Фаерберга. Восстановление обители началось весной 1998 года. Проект скита с домовым храмом разработал Валерий Жехов.

29 декабря 2000 года Священный синод Русской православной церкви постановил преобразовать Бахаревский скит в монастырь и назначить настоятельницей монахиню Руфину. В ночь с 20 на 21 сентября 2002 года в монастыре произошел пожар, уничтоживший лестничный марш, но здание и люди были спасены. Храм в честь иконы Казанской Божией Матери восстановили весной следующего года, затем начали перестраивать храм Покрова Богородицы.

Бахаревский монастырь известен своими целебными источниками, основным из которых является Казанский. Он оборудован купелью и небольшой часовней. Добраться до монастыря можно на трамвае №5, затем через железнодорожный переход и по проселочной дороге.