Le musée est né sur la base du Cabinet d'histoire naturelle, connu sous le nom de Cabinet naturel, qui existait à l'Université de Kazan depuis sa création. La base du cabinet était constituée de collections zoologiques et minéralogiques, rassemblées à la fin du XVIIIe siècle pour l'Université d'Ekaterinoslav, qui n'a jamais été ouverte. Au départ, le cabinet était dirigé par le professeur K. F. Fuchs, puis en 1825 et 1828, par E. I. Eichwald. Pendant cette période, les collections ont été activement enrichies : l'astronome I. M. Simonov a transmis des échantillons de flore et de faune de l'hémisphère sud, collectés lors de l'Expédition de Bellingshausen et Lazarev, et Eichwald a rapporté des échantillons zoologiques de son voyage à la mer Caspienne en 1825 et 1826.

Depuis 1828, le cabinet a été dirigé par le professeur E. A. Eversman, qui l'a dirigé jusqu'en 1860. Sous sa direction, la partie zoologique du cabinet est devenue une institution autonome avec une approche systématique, et les collections se sont considérablement enrichies tant avec des espèces exotiques d'Allemagne qu'avec la faune russe, collectée par Eversman dans la région Aralo-Caspienne. En 1837, la collection personnelle de mammifères et d'oiseaux de K. F. Fuchs, provenant du gouvernement de Kazan, a été acquise. Selon A. A. Ostrooumov, en 1844, le musée comptait 5735 spécimens, dont 1900 insectes, 1445 coquillages, 1402 oiseaux empaillés et 227 mammifères empaillés. Au cours des dix années suivantes, la collection a encore augmenté de 400 spécimens. Le musée était populaire parmi les habitants, qui le visitaient souvent lors des fêtes.

En 1871 et 1897, le cabinet était dirigé par le professeur N. M. Melnikov. En 1881, A. M. Butlerov a transféré à l'université sa collection de lépidoptères, comptant plus de mille espèces. En 1897 et 1925, le cabinet était dirigé par le professeur A. A. Ostrooumov, sous la direction duquel les collections ont continué à s'enrichir, des catalogues d'oiseaux et de poissons ont été créés, et des recherches sur l'esturgeon, qui a disparu au début des années 1920, ont été menées.

Dans les années 1840, un cabinet de zoologie a été créé à l'université, et en 1945, les cabinets zoologiques et zoologiques ont été réunis en un musée zoologique. En 1991, un département botanique a été ajouté au musée, qui a longtemps été accessible uniquement aux spécialistes et aux étudiants. En 2002, le musée a été nommé d'après E. A. Eversman.