Das Museum entstand auf der Grundlage des Kabinetts für Naturgeschichte, bekannt als Naturkundekabinett, das seit der Gründung an der Universität Kasan existierte. Die Grundlage des Kabinetts bildeten zoologische und mineralogische Sammlungen, die Ende des 18. Jahrhunderts für die Universität Jekaterinoslaw gesammelt wurden, die jedoch nie eröffnet wurde. Ursprünglich wurde das Kabinett von Professor K. F. Fuchs geleitet, und in den Jahren 1825 und 1828 von E. I. Eichwald. In dieser Zeit wurden die Sammlungen aktiv erweitert: Der Astronom I. M. Simonov übergab Proben der Flora und Fauna der Südhalbkugel, die während der Expedition von Bellingshausen und Lazarev gesammelt wurden, und Eichwald brachte zoologische Proben aus seiner Reise zum Kaspischen Meer in den Jahren 1825 und 1826 mit.

Ab 1828 leitete Professor E. A. Eversman das Kabinett, das er bis 1860 führte. Unter seiner Leitung wurde der zoologische Teil des Kabinetts zu einer eigenständigen Institution mit systematischem Ansatz, und die Sammlungen wurden sowohl mit exotischen Arten aus Deutschland als auch mit der russischen Fauna, die Eversman in der Aralo-Kaspischen Region sammelte, erheblich bereichert. Im Jahr 1837 wurde die persönliche Sammlung von Säugetieren und Vögeln von K. F. Fuchs aus der Provinz Kasan erworben. Laut A. A. Ostroумov gab es 1844 im Museum 5735 Exponate, darunter 1900 Insekten, 1445 Muscheln, 1402 Präparate von Vögeln und 227 Präparate von Säugetieren. In den folgenden zehn Jahren wuchs die Sammlung um weitere 400 Exponate. Das Museum war bei den Stadtbewohnern beliebt, die es oft an Feiertagen besuchten.

In den Jahren 1871 und 1897 wurde das Kabinett von Professor N. M. Melnikov geleitet. Im Jahr 1881 übergab A. M. Butlerov der Universität seine Sammlung von Schmetterlingen, die mehr als tausend Arten umfasste. In den Jahren 1897 und 1925 leitete Professor A. A. Ostroумov das Kabinett, unter dessen Leitung die Sammlungen weiterhin erweitert wurden, Kataloge von Vögeln und Fischen erstellt wurden und Forschungen zur Stör durchgeführt wurden, die zu Beginn der 1920er Jahre verschwand.

In den 1840er Jahren wurde an der Universität ein zoologisches Kabinett eingerichtet, und 1945 wurden das zoologische und das zoologische Kabinett zum Zoologischen Museum zusammengelegt. Im Jahr 1991 wurde im Museum eine botanische Abteilung eingerichtet, die lange Zeit nur für Fachleute und Studenten zugänglich war. Im Jahr 2002 wurde dem Museum der Name E. A. Eversman zugewiesen.