Le monastère a été fondé en 1689 sur la rive droite de l'Angara. Les constructions initiales étaient en bois, et d'ici 1727, l'église Znamenskaya, construite en 1693, était devenue vétuste. En 1762, le monastère a été reconstruit en pierre, et des chapelles et d'autres bâtiments ont été ajoutés au cours des années suivantes.

Dans la nuit du 6 au 7 février 1920, le haut dirigeant de la Russie, Alexandre Koltchak, et le président du Conseil des ministres, Viktor Pepelyaev, ont été exécutés près du monastère. Après l'arrivée du pouvoir soviétique à Irkoutsk, il ne restait à l'évêché local que le bâtiment de l'église, et le monastère a été fermé. Ses locaux ont été occupés par des départements d'hydroaviateurs, et depuis 1928, un hydport irkoutsk était situé à l'embouchure de l'Oushakovka.

En 1926, l'église Znamenskaya est devenue paroissiale, et depuis 1929, elle a commencé à remplir les fonctions de cathédrale, car la cathédrale de l'Épiphanie a été complètement fermée pour des besoins religieux, et la cathédrale de Kazan a été démolie. Sept ans plus tard, l'église Znamenskaya a de nouveau été fermée, et ses bâtiments ont été utilisés comme ateliers de réparation d'avions et garages.

Avec le début de la guerre, l'hydport irkoutsk a cessé les transports de passagers, les pilotes et les avions ont été mobilisés. Il ne restait au monastère que des hydravions du NKPS, qui servaient le BAM. En 1945, l'église Znamenskaya a été restituée à l'évêché, et en 1948, elle a retrouvé le statut de cathédrale. En 1953, la base des hydravions du NKPS a été fermée.

Le 30 août 1960, le complexe du monastère Znamensky a été reconnu monument d'architecture d'importance républicaine et placé sous protection de l'État.

Depuis 1991, les reliques de saint Innocent Koulchitski se trouvent à nouveau dans l'église Znamenskaya, et le 27 août 1994, le rite de la tonsure monastique a été restauré au monastère. Actuellement, le siège de l'administration de l'évêché de la métropole d'Irkoutsk est situé sur le territoire du monastère.