El monasterio fue fundado en 1689 en la orilla derecha del Angará. Las construcciones originales eran de madera, y para 1727 la iglesia catedral Znamenskaya, construida en 1693, se había vuelto ruinoso. En 1762, el monasterio fue reconstruido en piedra, y las capillas y otros objetos fueron completados durante varios años.

En la noche del 6 al 7 de febrero de 1920, cerca del monasterio fueron fusilados el Alto Gobernante de Rusia, Alexander Kolchak, y el presidente del Consejo de Ministros, Viktor Pepelyaev. Tras la llegada del Poder Soviético a Irkutsk, a la diócesis local solo le quedó el edificio de la iglesia, y el monasterio fue cerrado. En sus instalaciones se ubicaron departamentos de hidroaviadores, y desde 1928, en la desembocadura de Ushakovka, se encontraba el hidropuerto de Irkutsk.

En 1926, el templo Znamensky se convirtió en parroquial, y desde 1929 comenzó a cumplir funciones de catedral, ya que la Catedral de la Epifanía fue completamente cerrada para necesidades religiosas, y la Catedral de Kazán fue demolida. Siete años después, el templo Znamensky fue cerrado nuevamente, y en sus edificios se instalaron talleres de reparación de aviones y garajes.

Con el inicio de la guerra, el hidropuerto de Irkutsk cesó las operaciones de pasajeros, los pilotos y aviones fueron movilizados. Al monasterio solo le quedaron hidroaviones del NKPS, que servían al BAM. En 1945, la iglesia Znamenskaya fue devuelta a la diócesis, y en 1948 recuperó su estatus de catedral. En 1953, la base de hidroaviones del NKPS fue cerrada.

El 30 de agosto de 1960, el complejo del monasterio Znamensky fue reconocido como monumento arquitectónico de importancia republicana y puesto bajo protección estatal.

Desde 1991, en la iglesia Znamenskaya se encuentran nuevamente las reliquias del santo Inocencio Kulchitsky, y el 27 de agosto de 1994 se restauró el rito de la tonsura monástica en el monasterio. Actualmente, en el territorio del monasterio se encuentra la administración diocesana de la metrópoli de Irkutsk.