L'église Znamenskaya tire son histoire d'un temple en bois, érigé en 1703 en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Znamenié » (Abalak) par le noble Ivan Kachalov d'Uglich.

À la fin du XVIIIe siècle, l'église était en ruine, et après un incendie, il a été décidé de construire un temple en pierre. Les fonds pour la construction ont été fournis par les descendants de Kachalov. La pose de la nouvelle structure a eu lieu en 1789, et elle a été réalisée dans le style baroque sibérien. Le temple comptait trois chapelles.

Avant la révolution de 1917, la chapelle nord abritait deux grandes icônes en cadres d'argent, commandées par une riche paroissienne dont le nom est inconnu. On y conservait également une châsse en argent contenant les reliques de la sainte grande martyre Barbara. Une relique particulière était une partie de l'Arbre vivifiant de la Croix du Seigneur. Dans le temple se trouvaient des icônes avec des particules des reliques du prophète Jean Baptiste, de l'évangéliste Marc, du prince Dimitri, de l'apôtre Paul et d'autres saints. Il y avait aussi une icône du Christ Sauveur, sculptée dans de la pierre d'asphalte noire, du shungite. Avec l'arrivée du pouvoir soviétique, toutes ces reliques ont été perdues.

En 1920, l'église a été nationalisée, mais les services religieux ont continué. Pendant un certain temps, l'église Znamenskaya a collaboré avec le nouveau pouvoir. Cependant, le 26 mars 1935, par décision du comité exécutif de l'Ouest sibérien, l'église a été fermée. Après cela, le bâtiment a été utilisé comme base pour le Flot de bois, entrepôt de grains, puis comme locaux pour l'administration fluviale, forge, chaufferie, garage, centrale thermique et station de bateaux. Il a également servi de logement.

En 1992, la communauté de l'église de la Sainte-Trinité a commencé la restauration de l'église Znamenskaya. En 2004, des cloches ont été installées dans le clocher, et en 2005, la restauration de la chapelle centrale Znamenskaya a été achevée.