Contrairement aux dirigeants de la révolte de Yaroslavl, les représentants du pouvoir soviétique avaient une conception totalement différente des méthodes de guerre acceptables. Après le choc initial de la révolte inattendue, ils ont commencé une répression brutale. Les bolcheviques ont fait appel à de l'artillerie lourde et ont commencé à bombarder la ville avec des obus incendiaires, tandis que des bombardements aériens ont également commencé. Trois trains blindés ont été utilisés pour la répression. Les commandants rouges prévoyaient d'utiliser du gaz asphyxiant, mais en raison des vents forts et des pluies, cela est devenu impossible. Yaroslavl est devenue la première ville détruite par l'aviation.

Pour réprimer la révolte, un comité militaire-révolutionnaire provincial spécial a été créé sous la direction du communiste Babitch, avec les assistants Guzarsky et Gekker, qui commandaient sur différentes rives de la rivière. Il est intéressant de noter que pendant toute la durée des combats, ils ont constamment demandé au commandement d'envoyer de nouveaux détachements de mercenaires chinois et lettons, car les autres soldats rouges se battaient mal, se livrant principalement au pillage et étant difficiles à contrôler. Les dirigeants de la répression de la révolte ont également demandé 10 000 obus, en plus de ceux déjà disponibles.

Les insurgés ont tenu environ deux semaines, leur nombre, selon différentes sources, variait de 1 500 à 6 000 personnes, mais ils étaient condamnés. Les alliés ont retardé le débarquement, et les révoltes dans d'autres villes ont été réprimées. Perkhurov a proposé de percer à travers les troupes rouges et de se diriger vers Vologda ou Kazan, mais les insurgés locaux sous la direction du général Karpov ont refusé. En fin de compte, il a été décidé d'envoyer Perkhurov avec un petit détachement demander de l'aide, tandis que les Yaroslavl restaient pour se battre. Bientôt, ils ont manqué de munitions et ont décidé de se rendre à une mission allemande qui s'occupait de renvoyer des prisonniers de guerre allemands chez eux. Au début, la mission a déclaré les rendus comme ses prisonniers, mais ensuite, par tromperie, les a remis aux bolcheviques.

Au cours des combats, Yaroslavl a subi des dommages considérables : 20 usines et fabriques détruites, plus de 2000 maisons, y compris 67 bâtiments gouvernementaux, des dizaines de temples, le lycée juridique Demidov avec une bibliothèque unique. Après la fin des combats, les autorités soviétiques ont organisé un nettoyage de masse, au cours duquel, selon des données officielles, plus de 5 000 personnes ont été tuées, sans épargner personne. Le chef de la révolte, Perkhurov, a pu rejoindre l'Armée volontaire, combattant dans des unités sous le commandement de Kappel et Koltchak. Sur la rivière Lena, il a été capturé et a traversé des camps de concentration à Irkoutsk, Tcheliabinsk et Ekaterinbourg. Il a réussi à dissimuler son rôle dans la révolte de Yaroslavl. En janvier 1921, il a été libéré et nommé enseignant dans une école de commandement junior auprès du quartier général de la 69e brigade de fusiliers. Cinq mois plus tard, sa participation au soulèvement anti-bolchevique a été révélée, Perkhurov a été arrêté, envoyé à Moscou et exécuté en 1922.

Actuellement, une réévaluation des événements est en cours, de nouveaux livres sortent, exposant le mensonge soviétique sur la révolte, et à l'occasion du centenaire, un film artistique a été réalisé.