Im Gegensatz zu den Führern des Jaroslawski Aufstands hatten die Vertreter der sowjetischen Macht eine völlig andere Vorstellung von den zulässigen Methoden der Kriegsführung. Nach dem anfänglichen Schock über den unerwarteten Aufstand begannen sie mit der brutalen Unterdrückung. Die Bolschewiki zogen schwere Artillerie heran und begannen, die Stadt mit Brandgeschossen zu beschießen, während gleichzeitig Luftangriffe stattfanden. Zur Unterdrückung wurden drei Panzerzüge eingesetzt. Die roten Kommandeure planten den Einsatz von Giftgas, doch aufgrund des starken Windes und Regens wurde dies unmöglich. Jaroslawl wurde zur ersten Stadt, die durch die Luftwaffe zerstört wurde.

Zur Unterdrückung des Aufstands wurde ein spezieller gubernialer militärisch-revolutionärer Ausschuss unter der Leitung des Kommunisten Babitsch eingerichtet, mit den Helfern Gusarowski und Gekker, die an verschiedenen Ufern des Flusses kommandierten. Interessanterweise forderten sie während der gesamten Kämpfe ständig von der Führung neue Söldnertruppen aus Chinesen und Letten, da die anderen Rotarmisten schlecht kämpften, hauptsächlich plünderten und schwer zu führen waren. Auch die Führer der Unterdrückung des Aufstands beantragten 10.000 Geschosse zusätzlich zu den bereits vorhandenen.

Die Aufständischen hielten sich etwa zwei Wochen, ihre Zahl betrug laut verschiedenen Angaben zwischen 1.500 und 6.000 Personen, aber sie waren zum Scheitern verurteilt. Die Alliierten verschoben die Landung, und die Aufstände in anderen Städten wurden niedergeschlagen. Perchurov schlug vor, durch die roten Truppen zu brechen und nach Wologda oder Kasan zu fliehen, aber die lokalen Aufständischen unter der Führung von General Karpow lehnten ab. Schließlich wurde beschlossen, Perchurov mit einer kleinen Truppe zur Verstärkung zu schicken, während die Jaroslawler blieben, um zu kämpfen. Bald gingen ihnen die Munition aus, und sie beschlossen, sich der deutschen Mission zu ergeben, die mit der Rückführung deutscher Kriegsgefangener beschäftigt war. Zunächst erklärte die Mission die sich Ergebenden zu ihren Gefangenen, übergab sie dann aber betrügerisch den Bolschewiki.

Während der Kämpfe erlitt Jaroslawl erhebliche Schäden: 20 Fabriken und Werke wurden zerstört, über 2000 Häuser, darunter 67 Regierungsgebäude, Dutzende von Tempeln, das Demidovische Juristische Lyzeum mit einer einzigartigen Bibliothek. Nach dem Ende der Kämpfe führten die sowjetischen Behörden eine Massenbereinigung durch, bei der offiziellen Angaben zufolge über 5.000 Menschen getötet wurden, ohne Rücksicht auf Verluste. Der Führer des Aufstands, Perchurov, konnte zur Freiwilligenarmee gelangen, kämpfte in Einheiten unter dem Kommando von Kappel und Koltschak. An der Lena wurde er gefangen genommen und durchlief die Konzentrationslager in Irkutsk, Tscheljabinsk und Jekaterinburg. Seine Rolle im Jaroslawski Aufstand konnte er verbergen. Im Januar 1921 wurde er befreit und zum Lehrer an der Schule für den unteren Kommandostab beim Stab der 69. Schützenbrigade ernannt. Fünf Monate später wurde seine Teilnahme am antibolschewistischen Aufstand aufgedeckt, Perchurov wurde verhaftet, nach Moskau geschickt und 1922 hingerichtet.

Derzeit findet eine Neubewertung des Geschehenen statt, es erscheinen neue Bücher, die die sowjetische Lüge über den Aufstand entlarven, und zum 100. Jahrestag wurde ein Spielfilm gedreht.