Les terres du vieux et riche village d'Izmaïlovo, sous Ivan le Terrible, ont été données à Nikita Romanovitch Zakharine-Iouriev, le grand-père de Mikhaïl Fiodorovitch Romanov. Plus tard, cette propriété est passée au tsar Alexeï Mikhaïlovitch, qui a décidé de créer ici une exploitation modèle de nouveau type. La rivière Serebrianka a été barrée, et le village s'est retrouvé sur une île. Les paysans ont été déplacés, et la construction de la cour du Tsar a commencé sur l'île. Autour de celle-ci sont apparus des champs, des jardins et des manufactures, y compris la première verrerie en Russie. Pour l'entrée solennelle, un pont à 14 travées de plus de 100 mètres de long a été construit, orné de carreaux colorés. Le pont se terminait par la Tour du Pont, qui a survécu jusqu'à nos jours et rappelle les tours du Kremlin de Moscou. Au premier étage de la tour se trouvait une plateforme de garde, et le troisième étage servait de clocher pour la cathédrale de Pokrov. Actuellement, la Tour du Pont abrite une exposition permanente de carreaux et une succursale du GIM.

La principale décoration de l'île d'Izmaïlovo est la cathédrale de la Protection de la Sainte Vierge. L'église en bois a été construite à la fin des années 1610. Peu avant la mort d'Alexeï Mikhaïlovitch, l'architecte Ivan Kouznets a commencé la construction d'une église en pierre, selon une des versions, en l'honneur de la naissance du tsarévitch Pierre. C'est dans la cour de lin d'Izmaïlovo que le jeune Pierre Ier a trouvé son célèbre botik, le « grand-père de la flotte russe ». La cathédrale est ornée de carreaux polychromes réalisés par Stepan Ivanov (Poloubesa). Sous Fiodor Alexeïevitch, un palais en bois a été construit à la cour du Tsar, semblable à celui de Kolomenskoye, ainsi qu'une église en pierre à deux étages dédiée à Ioasaf, le tsarévitch indien, l'une des premières constructions dans le style « baroque russe » à Moscou. Malheureusement, elles n'ont pas survécu : le palais a brûlé au début du XVIIIe siècle, et l'église a été démolie dans les années 1930.

Au début du XVIIIe siècle, la tsarine Praskovia Fiodorovna (veuve d'Ivan V) vivait à Izmaïlovo avec ses filles Catherine, Anna (Anna Ioannovna) et Praskovia. Après l'accession au trône d'Anna Ioannovna, elle venait souvent ici et y vivait longtemps. Par la suite, les tsars visitaient cet endroit rarement, et la cour du Tsar a commencé à se détériorer. Sous Catherine II, une partie des bâtiments a été démolie.

Une nouvelle vie à Izmaïlovo a commencé en 1837, lorsque Nicolas Ier y a établi un hospice militaire, confiant le projet à son architecte favori Konstantin Ton. Ton a transformé la cathédrale de Pokrov en église de maison, a reconstruit les Portes Avant et Arrière et a érigé des bâtiments supplémentaires. L'inauguration solennelle a eu lieu en 1850. L'hospice a existé jusqu'en 1918. Dans les années 1920, un régiment de sapeurs s'y est installé, puis le « Village des Travailleurs nommé d'après Bauman », qui a existé jusqu'au début des années 1970, lorsque les baraquements ont été démolis et que divers bureaux se sont installés dans les constructions en pierre.

Ces dernières années, presque toutes les institutions non spécialisées ont été expulsées de l'île, et maintenant il y a un musée-réserve avec des salles d'exposition, un dépôt du GIM et des ateliers de restauration. Des conférences et des visites guidées sont organisées, et un « Club des amateurs d'histoire d'Izmaïlovo » est actif.