Las tierras del antiguo y rico pueblo de Izmaylovo, bajo el reinado de Iván el Terrible, fueron entregadas a Nikita Romanovich Zajarín-Yuriev, abuelo de Mijaíl Fiódorovich Románov. Más tarde, esta propiedad pasó al zar Alexéi Mijáilovich, quien decidió crear aquí una explotación ejemplar de nuevo tipo. El río Serebryanka fue represado, y el pueblo quedó en una isla. Los campesinos fueron reubicados, y en la isla comenzó la construcción del Palacio del Zar. A su alrededor aparecieron campos, jardines y manufacturas, incluyendo la primera fábrica de vidrio en Rusia. Para la entrada principal, se construyó un puente de arco de 14 tramos de más de 100 metros de longitud, decorado con azulejos de colores. El puente terminaba en la Torre del Puente, que se ha conservado hasta nuestros días y recuerda a las torres del Kremlin de Moscú. En el primer nivel de la torre había una plataforma de vigilancia, y el tercer nivel servía como campanario de la catedral de Pokrov. Actualmente, en la Torre del Puente se encuentra una exposición permanente de azulejos y una sucursal del GIM.

La principal decoración de la isla de Izmaylovo es la catedral de Pokrov de la Santísima Virgen. El templo de madera fue construido a finales de la década de 1610. Poco antes de la muerte de Alexéi Mijáilovich, el arquitecto Iván Kuznechik comenzó la construcción de un templo de piedra, según una de las versiones, en honor al nacimiento del zarevich Pedro. Fue en el patio de lino de Izmaylovo donde el joven Pedro I encontró su famoso bote, el "abuelo de la flota rusa". La catedral está decorada con azulejos policromos de la obra de Stepán Ivanov (Polubesa). Durante el reinado de Fiódor Alexéyevich, se construyó en el Palacio del Zar un palacio de madera similar al de Kolomenskoye, y una iglesia de dos pisos de piedra dedicada a Ioasaf, el zarevich indio, una de las primeras construcciones en el estilo del "barroco ruso" en Moscú. Desafortunadamente, no se han conservado: el palacio se quemó a principios del siglo XVIII, y la iglesia fue desmantelada en la década de 1930.

A principios del siglo XVIII, en Izmaylovo vivía la zarina Praskovya Fiódorovna (viuda de Iván V) con sus hijas Ekaterina, Anna (Anna Ioánnovna) y Praskovya. Tras la ascensión al trono de Anna Ioánnovna, ella solía estar aquí y vivió durante un tiempo prolongado. Posteriormente, los zares visitaban este lugar raramente, y el Palacio del Zar comenzó a deteriorarse. Durante el reinado de Catalina II, parte de los edificios fue desmantelada.

Una nueva vida en Izmaylovo comenzó en 1837, cuando Nicolás I estableció aquí un asilo militar, encargando el proyecto a su arquitecto favorito Konstantin Ton. Ton transformó la catedral de Pokrov en un templo doméstico, reconstruyó las puertas delantera y trasera y levantó edificios adicionales. La inauguración solemne tuvo lugar en 1850. El asilo existió hasta 1918. En la década de 1920, aquí se alojó un regimiento de zapadores, y más tarde, el "Pueblo de Trabajadores Bauman", que existió hasta principios de la década de 1970, cuando los barracones fueron demolidos y en los edificios de piedra se establecieron diversas oficinas.

En los últimos años, prácticamente todas las instituciones no relacionadas han sido desalojadas de la isla, y ahora aquí se encuentra un museo-reserva con salas de exposiciones, un almacén del GIM y talleres de restauración. Se realizan conferencias y excursiones, y funciona el "Club de amantes de la historia de Izmaylovo".