Le monastère de Valaam est célèbre pour son système unique de skits, situés sur l'île au milieu d'une nature pittoresque et impressionnants par leur beauté. Contrairement à d'autres monastères d'avant la révolution, Valaam a vu l'apparition des premiers skits en pierre avec leurs temples. Le premier d'entre eux, le skit au nom de Tous les Saints, a été construit en 1789 et 1796 sous la direction du célèbre higoumène Nazaire. Au milieu du XIXe siècle, il a été reconstruit par l'éminent architecte russe Alexeï Gornostaïev et a été conservé dans cet état jusqu'à nos jours, bien qu'après l'arrivée du pouvoir soviétique, il ait dû être réparé.

Le deuxième skit en pierre est le skit de Nicolas, situé sur l'île de Krestov au bord de la baie du monastère. Il regroupe deux églises, érigées presque simultanément par les architectes Alexeï Gornostaïev et Grigori Karpov. Le skit comprend également un corps de cellules d'avant la révolution pour la communauté. Il est intéressant de noter que l'église de Saint Nicolas le Miracle-Faire, en plus de ses fonctions spirituelles, servait de phare pour les navires passant à proximité.

Les skits de Pretechiev et de Konev, construits en 1858 et 1870, présentent également un intérêt, mais ils n'ont pas survécu jusqu'à nos jours en raison de la campagne antireligieuse de la période soviétique. Une perte particulièrement lourde a été la cloche, offerte au monastère à l'époque de Boris Godounov, qui se trouvait au deuxième étage de l'église du skit de Pretechiev. Les bolcheviks ont détruit six autres skits, dont certains ont été restaurés, mais les dates exactes de leur restauration sont inconnues.

En plus des skits sur Valaam même, le monastère avait des skits sur les îles Poutsari, de Saint Hermann et de Vossinansari. Ils ont également été détruits à l'époque soviétique, et des travaux de restauration sont actuellement en cours sur les deux premières îles. Heureusement, le monastère a tout de même conservé une partie de ses skits uniques.