Le monastère a été fondé dans les années 1680 par le schimonkhe Zosima, qui venait du monastère de la Trinité-Saint-Serge et a rassemblé autour de lui une petite communauté. Au fil du temps, des pèlerins ont commencé à affluer ici, parmi lesquels se trouvait la sœur de Pierre Ier, Natalia Alexeïevna. Cependant, après la mort du vieillard, la plupart des moines ont quitté le monastère, et celui-ci est tombé en ruine. Néanmoins, les habitants continuaient à vénérer la tombe du juste comme une sainteté. Selon la tradition, la future impératrice Élisabeth Petrovna aurait été ici, ayant vécu longtemps dans la ville voisine d'Alexandrov.

À la fin des années 1890, le désert a été restauré grâce aux efforts de l'archimandrite Pavel Glebov du monastère de la Trinité-Saint-Serge et de l'hiéromoine Herman Gomzin, qui est devenu le constructeur du désert en 1896 et est mort le 30 janvier 1923. Le désert est devenu l'un des centres de la sainteté.

De 1897 à 1923, le monastère a été dirigé par le schigoumène Herman. Pendant cette période, tous les bâtiments en pierre rouge dans le style russe qui subsistent aujourd'hui ont été construits. En 1900, le temple principal a été consacré en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Smolensk.

Depuis 1898 jusqu'à la fermeture du monastère en 1923, le vieillard Alexeï Soloviev a vécu ici, résidant dans le bâtiment « des anciens » près des Portes Saintes, construit avec les fonds de la grande duchesse Élisabeth Fiodorovna.

En 1917, le moine Makari Nevski a temporairement résidé au monastère. Le désert était souvent visité par des membres du cercle religieux et philosophique de Moscou dirigé par Mikhaïl Novoselov, qui cherchait à y attirer ses amis, y compris Nicolas Berdiaev et Sergueï Boulgakov. Pavel Florensky visitait également régulièrement le désert de Zosimova.

En mai 1923, le monastère, fonctionnant comme une coopérative, a été définitivement fermé.

Il a été rouvert en avril 1992. En juillet 1994, la canonisation du fondateur du monastère, le schimonkhe Zosima, a eu lieu pour le culte de l'Église universelle, ainsi que celle du bienheureux Herman Gomzin au niveau diocésain. En 2000, le bienheureux Alexeï Soloviev a été canonisé pour la glorification de l'Église universelle.