El monasterio fue fundado en la década de 1680 por el esquimónaco Zosima, quien llegó del monasterio de la Trinidad de San Sergio y reunió a su alrededor una pequeña comunidad. Con el tiempo, comenzaron a llegar peregrinos, entre los cuales se encontraba la hermana de Pedro I, Natalia Alexéyevna. Sin embargo, tras la muerte del anciano, la mayoría de los monjes abandonaron el lugar, y este cayó en el abandono. No obstante, los habitantes locales continuaron venerando la tumba del justo como una santidad. Según la tradición, aquí estuvo la futura emperatriz Elizabeth Petrovna, quien vivió durante mucho tiempo en la ciudad vecina de Aleksándrov.

A finales de la década de 1890, el desierto fue restaurado gracias a los esfuerzos del archimandrita Pavel Glebov de la Lavra de la Trinidad de San Sergio y del hieromonje Germán Gomzin, quien se convirtió en el constructor del desierto en 1896 y murió el 30 de enero de 1923. El desierto se convirtió en uno de los centros de la ancianidad.

Desde 1897 hasta 1923, el monasterio fue dirigido por el esquigumen Germán. Durante este período se construyeron todos los edificios de piedra de ladrillo rojo que se han conservado en estilo ruso. En 1900 se consagró el templo principal en honor a la icono de la Madre de Dios de Smolensk.

Desde 1898 hasta el cierre del monasterio en 1923, aquí vivió el anciano Alexiy Solovyov, quien habitaba en el cuerpo "de ancianos" cerca de las Puertas Santas, construido con fondos de la gran duquesa Elizabeth Fiódorovna.

En 1917, el monasterio fue temporalmente habitado por Macario de Névsk. El desierto fue visitado frecuentemente por miembros del círculo religioso-filosófico de Moscú encabezado por Mijaíl Novosélov, quien buscaba atraer aquí a sus amigos, incluyendo a Nikolái Berdiaev y Serguéi Bulgákov. Pavel Florenski también visitaba regularmente el desierto de Zosimova.

En mayo de 1923, el monasterio, que funcionaba como una artel, fue cerrado definitivamente.

Se reabrió en abril de 1992. En julio de 1994, se canonizó al fundador del monasterio, el esquimónaco Zosima, para la veneración de toda la iglesia, así como al venerable Germán Gomzin a nivel diocesano. En 2000, se canonizó al venerable Alexiy Solovyov para la glorificación de toda la iglesia.