L'hôpital clinique municipal nommé d'après Botkin, situé dans le quartier de Begovoy dans le district administratif nord de Moscou, est un établissement médical polyvalent. Il a été fondé en 1910 et a porté le nom de Kozma Soldatyenkov jusqu'en 1920.

L'industriel moscovite Kozma Soldatyenkov a légué plus de deux millions de roubles pour la construction d'un hôpital gratuit pour les pauvres, indépendamment de leur rang, classe sociale et religion, à condition qu'il porte son nom. Ces fonds ont été transférés à l'administration municipale de Moscou, qui a alloué environ 12 hectares de terrain sur le champ de Khodynka en 1902. Trois ans plus tard, la douma a approuvé le projet de l'architecte Illarion Ivanov-Shitz, prévoyant la construction de 12 bâtiments pour 505 patients. En raison de la Première Révolution russe, la construction n'a commencé qu'au milieu de 1908.

L'ouverture officielle de l'hôpital a eu lieu le 23 décembre 1910, le médecin-chef étant le thérapeute Fiodor Guetye. Initialement, un bâtiment infectieux a été ouvert, mais en 1912, six autres ont été ajoutés : thérapeutique, chirurgical, diphtérique, scarlatinique, pour infections mixtes et d'accueil. L'année suivante, trois autres bâtiments ont été achevés. Parmi les médecins de l'hôpital se trouvaient le pathologiste académicien Alexeï Abrikosov et le professeur Vassili Chervinski.

Les bâtiments étaient situés à une distance de 60 à 80 mètres les uns des autres et avaient des vérandas vitrées donnant sur le jardin. Les patients alités pouvaient passer du temps sur ces vérandas. Les chambres étaient conçues pour six personnes, mais il y avait aussi des chambres individuelles pour les patients agités. L'alimentation était adaptée à l'âge et à l'état du patient.

En décembre 1920, à l'occasion du dixième anniversaire, l'hôpital a été nommé d'après l'infectiologue Sergueï Botkin. En 1922, le professeur Vladimir Rozanov a effectué ici une opération pour extraire une balle du corps de Vladimir Lénine après une tentative d'assassinat.

Pendant la Grande Guerre patriotique, l'hôpital a servi d'hôpital militaire, où plus de 43 000 militaires ont été opérés. En 1942, le personnel de l'hôpital a contribué 100 000 roubles à la construction de l'avion « Botkinets ». En 1947, la clinique a été décorée de l'Ordre de Lénine.

Parmi les médecins-chefs célèbres figuraient Boris Shimelevich, qui a occupé ce poste de 1931 à 1949, et Nikifor Lapchenko, devenu médecin-chef en 1964. En 1993, un monument à Kozma Soldatyenkov a été érigé sur le territoire de l'hôpital.

En 2013, Alexeï Shabunin est devenu médecin-chef. En 2016, l'héliport devant la salle d'accueil a été rénové. Le territoire de l'hôpital comprend 27 bâtiments, il sert de base clinique pour 24 départements de six centres scientifiques et universités de Russie. En 2014, l'hôpital a acquis un robot-chirurgien « Da Vinci » pour des opérations endoscopiques. En 2015, un centre de simulation a été ouvert, où environ 20 000 spécialistes ont été formés d'ici 2017.

Sur le territoire de l'hôpital se trouve une petite église, construite selon le testament de Soldatyenkov et consacrée en 1911 en l'honneur des saints Cosme et Damien. L'église était utilisée pour les services funéraires et a été fermée en 1921, après quoi le bâtiment a servi de service de pathologie jusqu'en 1992. En 1997, le bâtiment a été transféré à l'Église orthodoxe russe.