L'histoire de l'église dédiée à l'archange Michel commence au XIIe siècle, lorsque la ville de Karatchev est mentionnée pour la première fois dans la chronique Ipatiev en 1146. Comme beaucoup d'anciennes villes de Russie, Karatchev était protégée par des remblais de terre, sur lesquels se tenait un kremlin en bois, servant de résidence aux princes de Karatchev. L'un des temples du kremlin était l'église de Saint-Georges le Grand Martyr, probablement détruite pendant le Temps des Troubles. Après la restauration de la ville, une église en bois dédiée à l'archistratège Michel fut construite à sa place, qui a duré environ cent ans avant d'être remplacée par un édifice en pierre au milieu du XVIIIe siècle.

À l'origine, l'église avait un autel en l'honneur de l'archistratège Michel. En 1786, le premier autel en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de la Passion est apparu, en 1809, le deuxième autel en l'honneur de Saint Démétrius de Rostov et le clocher. En 1844, le marchand de Karatchev, Nicolas Bocharov, a établi le troisième autel en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Recherche des perdus », et en 1848, le chef de l'église, Constantin Piskovitin, a construit le quatrième autel en l'honneur de Saint Georges le Victorieux. En 1900, une cloche en bois a été érigée à la place du clocher démoli. Après le coup d'État de 1917, l'église est restée en activité pendant un certain temps, mais a été fermée en 1938, et avant la guerre, le clocher a été démoli. En 1941, pendant l'occupation allemande, l'église a rouvert. En 1961, elle a de nouveau été fermée par les autorités soviétiques, et en 1973, le bâtiment a été transféré à une école de sport pour enfants et ensuite utilisé comme entrepôt de matériaux de construction.

En 1989, le bâtiment de l'église a été restitué aux croyants, et des travaux de restauration ont commencé. Entre 1990 et 1992, les fresques de l'église ont été restaurées, et entre 1994 et 1996, le clocher. Depuis 2003, une école du dimanche fonctionne à l'église.