La cathédrale de la Nativité de la Sainte Vierge dans le Désert de Koursk, dans sa forme et ses proportions actuelles, existe depuis le milieu du XIXe siècle. Auparavant, à cet endroit se trouvait un temple en pierre plus modeste, construit en 1703, et avant cela, deux églises en bois. L'une d'elles a été brûlée en 1611 lors de l'invasion polono-lituanienne, et l'autre a été démolie en raison de sa vétusté.

La construction de la majestueuse cathédrale dans le Désert de Koursk a duré huit ans. Commencée en 1852, elle s'est achevée en 1860. À l'origine, il était prévu de construire la cathédrale selon un autre projet, mais finalement, la construction a été réalisée selon le plan provenant du bureau du comte P.A. Kleinmichel, qui, ayant visité le Désert de Koursk, a porté une attention particulière à celui-ci et a remplacé le projet initial par un plan plus adapté à l'ancienneté du monastère et de sa région.

La cathédrale construite est devenue la dominante de l'ensemble architectural et, avant sa destruction dans l'après-révolution, elle suscitait l'admiration des pèlerins. Dans l'une des anciennes descriptions du Désert de Koursk, il est noté que la vue sur le monastère depuis la rive opposée de la rivière Tuskori est particulièrement belle, d'où s'ouvre toute la beauté des bâtiments, y compris le nouveau temple à cinq coupoles dans le style russo-byzantin.

La cathédrale a existé jusqu'en 1923, lorsqu'elle a été détruite. La restauration du temple a commencé en 2007 et a été achevée en 2009.