La Catedral de la Natividad de la Santísima Virgen en el Desierto de Kursk, en su forma y proporciones actuales, existe desde mediados del siglo XIX. Anteriormente, en este lugar había una iglesia de piedra más modesta, construida en 1703, y antes de ella, se erguían dos iglesias de madera. Una de ellas fue quemada en 1611 durante la invasión polaco-lituana, y la otra fue desmantelada por su deterioro.

La construcción de la majestuosa catedral en el Desierto de Kursk duró ocho años. Comenzando en 1852, se completó en 1860. Inicialmente se planeaba construir la catedral según otro proyecto, pero al final la construcción se llevó a cabo según el plan que llegó de la oficina del conde P.A. Kleinmichel, quien, al visitar el Desierto de Kursk, prestó especial atención a él y reemplazó el proyecto original por uno más adecuado para la antigüedad del monasterio y su entorno.

La catedral construida se convirtió en la dominante del conjunto arquitectónico y, hasta su destrucción en la época post-revolucionaria, causaba admiración entre los peregrinos. En una de las viejas descripciones del Desierto de Kursk se señala que la vista del monasterio desde la orilla opuesta del río Tuskor es especialmente hermosa, desde donde se puede apreciar toda la belleza de los edificios, incluida la nueva catedral de cinco cúpulas en estilo ruso-bizantino.

La catedral existió hasta 1923, cuando fue destruida. La restauración del templo comenzó en 2007 y se completó en 2009.