La cathédrale a été construite entre 1898 et 1906 selon le projet de l'architecte diocésain de Kazan, F.N. Malinovski. Les fonds pour la construction provenaient de la trésorerie diocésaine et de dons volontaires. Un rôle important dans le financement a été joué par la supérieure du monastère, Apfiya, A.K. Yumina, qui a investi des efforts considérables et ses économies personnelles. En 1914, les murs intérieurs de la cathédrale ont été peints grâce au soutien du fabricant moscovite S.S. Méchnikov. La cathédrale est réalisée dans une composition en croix avec coupole, ses voûtes reposent sur quatre colonnes. Les chœurs sont situés en face de l'autel au niveau de l'espace sous la coupole, accessibles par un escalier en fer à repasser. Le bâtiment est surmonté d'un massif tambour lumineux sous une coupole sphérique avec une croix. Les volumes hémisphériques, adjacents à la partie centrale et orientés selon les points cardinaux, sont recouverts de conques. Les entrées de la cathédrale sur les côtés ouest, nord et sud sont mises en valeur par des portails avec des ouvertures en arc. L'entrée principale est ornée d'une annexe à plusieurs fenêtres, de chaque côté se trouvent des vestibules-cellules. Dans les coins du volume principal se trouvent des tourelles décoratives avec des dômes et des croix. Les fenêtres ont une forme en arc et varient en taille, encadrées de garnitures en archivoltes de différents profils. Les murs sont décorés de pilastres semi-ronds, de niches, de tirants, de corniches et de frises à différents niveaux. Les portes, escaliers, parapets et croix sont en métal forgé. La décoration du temple est accentuée par la combinaison de briques rouges et d'un enduit de chaux blanche. Actuellement, la cathédrale est la principale dominante de la partie sud-est de l'île.

Le 18 octobre 2014, le métropolite de Kazan et du Tatarstan, Anastasiy, en co-service avec l'évêque d'Almetyevsk et de Bugulma, Méthode, et le clergé de la métropole du Tatarstan, a consacré la cathédrale restaurée de l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous les affligés » du monastère de Jean-Baptiste sur l'île-forteresse de Sviyazhsk. Le temple a retrouvé une nouvelle vie grâce au soutien du fonds « Renaissance ».