La communauté vieux-croyante de Rogojskaya a traversé de nombreuses épreuves : avant la révolution, elle était sous l'œil attentif des autorités et de l'Église officielle, et après la révolution, elle a été confrontée à la politique antireligieuse de l'État soviétique. Cependant, elle a su résister. Au centre de celle-ci se dresse depuis plus de 220 ans la majestueuse cathédrale de la Protection de la Vierge Marie, qui avait initialement été conçue sous une autre forme et avec des objectifs particuliers.

Le village, formé autour du cimetière de Rogojskoye, remonte à 1771. À cette époque, pendant l'épidémie de peste à Moscou, avec la permission du comte G.G. Orlov, les vieux-croyants ont été autorisés à créer, derrière la barrière de Rogojskaya, près de la route de Vladimir, leur propre cimetière avec une chapelle vieux-croyante pour lutter contre la propagation de la maladie. Le nom du village est lié à la direction de la route de Nijni Novgorod vers le village de Rogozh, aujourd'hui la ville de Noginsk dans la région de Moscou. Après la fin de l'épidémie, les vieux-croyants sont restés sur ce site, ont fondé avec la permission de Catherine II le village et ont commencé la construction d'une maison de charité avec deux églises : une estivale au nom de la Protection de la Vierge et une hivernale au nom de la Nativité du Christ.

Le village de Rogojskoye est devenu le principal centre des vieux-croyants popovtsy de Moscou, ayant sa propre hiérarchie sacerdotale. La nouvelle cathédrale était conçue comme un concurrent de la cathédrale de l'Assomption au Kremlin : l'église de la Protection devait être à cinq coupoles, rappelant celle du Kremlin, mais plus grande. Ainsi, les vieux-croyants proclamaient leur prééminence et leur rivalité avec l'Église officielle. Cependant, les autorités en ont eu vent et sont intervenues : sous pression, les vieux-croyants ont modifié le projet, ont fait de la cathédrale une église à une coupole, ont renoncé aux absides d'autel et ont réduit sa longueur. Le projet final, élaboré par l'architecte M.F. Kazakov, représentait un vaste temple dans le style néoclassique. À l'intérieur, il y avait des iconostases à quatre niveaux avec des colonnes, composées d'anciennes icônes offertes par des membres fortunés de la communauté. L'Évangile d'autel, les livres liturgiques et les objets de culte étaient également anciens. Dans l'église, il y avait deux chapelles : la chapelle nord au nom de saint Nicolas le Miracle-Faire et la chapelle sud, de saint Serge de Radonège.

En 1856, pendant une période de répression accrue contre les vieux-croyants, les autels des églises du cimetière de Rogojskoye ont été scellés et utilisés comme chapelles pendant 49 ans. La situation a changé en 1905, lorsque la tolérance religieuse a été proclamée, et les vieux-croyants ont été autorisés à pratiquer leur foi ouvertement et à construire des églises. Les autels ont été débloqués, et depuis lors, le service dans la cathédrale de la Protection n'a pas été interrompu. Dans les années 1920, le pouvoir soviétique a tenté de fermer l'église, mais elle est restée en activité. Au milieu des années 1930, presque toutes les églises vieux-croyantes de Moscou avaient été fermées, mais la cathédrale de la Protection continuait de fonctionner.

Depuis 2007, le consortium de restauration et de construction « Vozrozhdenie » a commencé la restauration de l'église. Les maçonneries en briques des ouvertures et des porches ont été restaurées, le socle en pierre blanche a été restauré, les éléments de façade et la croix dorée sur la rotonde ont été restaurés. Une restauration de la peinture monumentale d'une superficie d'environ 4000 m² a également été réalisée. Les travaux de restauration ont été achevés en mars 2012.

En 2012, le site a été lauréat du concours du gouvernement de Moscou pour le meilleur projet dans le domaine de la préservation et de la promotion des objets du patrimoine culturel.