Au Musée de la nature, une exposition de sciences naturelles présente plus de 1 500 spécimens. Parmi eux, se distingue le spécimen le plus célèbre, un squelette complet d'une femelle mammouth nommée Mathilde. À côté, on peut voir le squelette d'un rhinocéros laineux, une reconstruction scientifique d'un ours des cavernes et une figurine d'un bébé mammouth.

Le musée expose également des plaques avec des restes fossilisés de dinosaures, trouvés dans la région de Kemerovo. Pour les jeunes visiteurs, une falaise des merveilles a été créée, ornée de druses d'améthyste scintillantes et de véritables fossiles d'animaux anciens, âgés de centaines de millions d'années. La grotte reconstituée de la grotte Barsukov permet d'observer le vol de chauves-souris numériques.

Les salles dédiées à la nature montrent la diversité des animaux, des oiseaux et des insectes vivant dans la région de Novossibirsk.

De plus, le musée organise chaque année plus de 10 expositions temporaires sur des thèmes de sciences naturelles. Cela peut inclure des expositions photographiques, des expositions de sciences naturelles des plus grands musées russes et des projets de chercheurs du NGKM.