Le monastère est situé à 3 km au nord-ouest de la grotte de Machpéla, sur la rive ouest du Jourdain, dans le secteur H1, qui est sous l'administration de l'Autorité nationale palestinienne.

En 1868, l'archimandrite Antonin (Kapoustine), à la tête de la Mission spirituelle russe à Jérusalem, a acquis un terrain où se trouvait le chêne mambré, qu'il avait découvert auparavant. Le 22 mai 1871, une Divine Liturgie a été célébrée pour la première fois près de ce chêne. En 1874, non loin de ce sanctuaire ancien, le père Antonin a construit une maison en pierre à deux étages pour les pèlerins. Cet endroit est devenu populaire parmi les pèlerins russes, et bientôt le territoire appartenant à la Mission spirituelle russe a commencé à s'étendre.

En raison de la situation complexe dans la ville, où vivait principalement une population musulmane, la question de la construction d'une église n'a été soulevée qu'en 1904 par l'archimandrite Léonide (Sentsov), qui dirigeait la Mission spirituelle russe. De 1906 à 1914, la mission a tenté d'obtenir l'autorisation des autorités turques pour construire et consacrer l'église. En 1914, l'église des Saints Patriarches a été construite, devenant la dernière église russe en Terre Sainte érigée avant la révolution de 1917.

Au début des années 1920, après la perte de contact avec l'Église russe en Russie, le terrain avec tous les bâtiments et la Mission spirituelle russe est passé sous la direction de l'Église russe à l'étranger. Le 31 mai 1925, l'église monastique a été consacrée par le patriarche de Jérusalem Damianos en l'honneur des Saints Patriarches. Le chapelle sud a été dédiée à la Sainte Trinité, et la chapelle nord, à saint Nicolas. À côté de l'église, une maison à deux étages pour les pèlerins a été construite.

Le 5 juin 1997, le monastère a été transféré au Patriarcat de Moscou avec l'aide de Yasser Arafat.