L'église en pierre de la Croix-Glorieuse, avec un seul autel, a été construite en 1880 sur un terrain de plus de 4000 m², acquis par le marchand et maire d'Ekaterinbourg V.V. Krivtsov. L'église servait de chapelle pour l'orphelinat de la société de bienfaisance d'Ekaterinbourg. Jusqu'à l'été 1919, elle remplissait les fonctions d'église régimentaire pour les régiments de la garnison d'Ekaterinbourg, stationnés dans les casernes d'Orovai, où se trouve encore une unité militaire. Il y avait un chœur à l'église, composé de 15 garçons de l'orphelinat, de deux secrétaires de l'administration militaire du district d'Ekaterinbourg, d'un assistant surveillant de l'hôpital militaire et de soldats de l'équipe locale d'Ekaterinbourg. De 1927 à 1930, l'église, restant fidèle au Métropolite Serge, était la cathédrale d'Ekaterinbourg, et 12 prêtres y officiaient, ce qui lui valait le nom de « Cathédrale des douze apôtres ».

En 1930, les autorités bolcheviques fermèrent l'église et procédèrent à une réorganisation destructrice, en enlevant le dôme et le clocher. La communauté de l'église fut fusionnée avec celle de la cathédrale Alexandre-Nevski de l'ancien monastère féminin Novo-Tikhvinski, qui avait déjà été fermé à ce moment-là.

Après l'arrêt des services religieux, l'église de la Croix-Glorieuse fut utilisée comme cinéma. Pendant la guerre, un éléphant d'un zoo évacué vivait dans le sanctuaire de l'église. Après la guerre, le bâtiment fut divisé en deux étages : au premier se trouvaient des ateliers du Fonds artistique, et au second, diverses organisations architecturales. En été, des bustes en plâtre de Lénine séchaient autour de l'église.

Au début des années 1990, les autorités prévoyaient de vendre le bâtiment à une organisation commerciale qui s'engageait à restaurer son apparence et à l'utiliser pour le commerce de produits turcs. Apprenant cela, la communauté cosaque locale s'adressa aux autorités pour demander que l'église soit transférée à l'Église orthodoxe russe. Finalement, les plans changèrent, et le bâtiment fut décidé d'être utilisé pour une salle d'enregistrement de la société de télévision et de radio d'État d'Ekaterinbourg. Cependant, en raison de la réduction du financement, en 1993, l'église fut transférée à l'Éparchie d'Ekaterinbourg. La communauté cosaque veillait à la préservation des objets restés dans l'église. Le premier prêtre fut André Dedioukhine-Sitski, un cosaque de génération.

Les services religieux se déroulaient au deuxième étage dans l'ancienne cloche, où se trouve maintenant la réfectoire du monastère. Une chapelle temporaire fut consacrée en l'honneur de saint Georges le Victorieux. En hiver, le chauffage était assuré par un pistolet à chaleur électrique.

À l'époque soviétique, un ajout en briques rouges fut construit à l'emplacement de l'ancienne porte, où se trouvait le quartier général cosaque. Après un incendie qui détruisit la chapelle de saint Georges, l'évêque Nikon Mironov ordonna de mettre fin à l'activité cosaque à l'église.

À l'automne 1994, une procession eut lieu avec le transfert dans l'église de l'icône de la Mère de Dieu de Iver et des reliques de saints de la cathédrale de Saint-Jean-Précurseur.

Le 26 décembre 1995, le Saint-Synode, sur la proposition de l'évêque Nikon Mironov, décida de fonder un monastère à l'église. Actuellement, trois hiéromoines et un hiérodiaque résident dans le monastère, ainsi que des jeunes chrétiens étudiants. Les résidents participent aux activités du département missionnaire de l'éparchie, car le monastère est un centre missionnaire de la bienheureuse région centrale. Il mène des activités anti-sectaires et travaille avec la jeunesse, dont beaucoup étudient au séminaire théologique orthodoxe d'Ekaterinbourg.

Les reliques de l'église monastique incluent une partie de la Sainte et Vivifiante Croix du Seigneur, l'icône de la Mère de Dieu de Iver avec les reliques des saints Mitrophane de Voronej et Tikhon de Zadonsk, le saint juste Siméon de Verkhotour, les saints moines Dalmat de Iset et Arefa de Verkhotour, le bienheureux Cosme de Verkhotour, ainsi que les icônes du saint moine Séraphim de Sarov, du saint Mitropolit Luka de Simferopol et du saint martyr Faddei, archevêque de Tver, et les icônes vénérées de la Mère de Dieu de Tikhvin et du saint Nicolas le Thaumaturge.