Le lieu de construction de cette église a été choisi non par hasard. Auparavant, une chapelle dédiée au saint prince Alexandre Nevski se tenait ici, détruite dans les années 1930 durant la période d'athéisme actif.

Avec la bénédiction de l'Évêque de Briansk et de Sevsk Théophilacte, la construction de l'église a commencé en 2009. Les travaux ont été réalisés par étapes, et dès le début, deux personnes orthodoxes portant le nom de leur saint patron, saint Alexandre Nevski, Alexandre Andreïevitch Bondarenko et Alexandre Alexandrovitch Sivakov, ont pris en charge la restauration de la sanctuaire, ce qu'ils ont confirmé par leurs actions.

En été 2009, le jour de la célébration du 160e anniversaire de l'église au nom des saints apôtres Pierre et Paul dans la ville de Klintsy, le nouveau fondement de l'église Alexandre Nevski a été solennellement consacré. La cérémonie de consécration des fondations a été menée par l'Évêque de Briansk et de Sevsk Théophilacte, et un an plus tard, le 25 septembre 2010, la consécration de l'église elle-même a eu lieu. Lors du service, étaient présents des prêtres du doyenné de Klintsy, des représentants de l'administration municipale, le fondateur de l'église Alexandre Andreïevitch Bondarenko, des paroissiens et des pèlerins.