En 1996, les premières étapes de la construction de l'église ont commencé. Grâce au soutien du gouverneur Igor Farhoutine, la mairie de Ioujno-Sakhalinsk a attribué un terrain à l'Éparchie de Ioujno-Sakhalinsk et des îles Kouriles pour la conception d'un complexe ecclésiastique. Cependant, la construction a été retardée de plusieurs années.

À l'automne 2003, la première phase des travaux préparatoires a débuté. À l'automne 2004, il a été décidé de construire sur ce site une église en bois en l'honneur de saint Nicolas, archevêque de Myre en Lycie, le Miracle. Le 19 décembre, jour de la mémoire de saint Nicolas, un service a été célébré et la construction a été bénie, marquant le début d'une nouvelle paroisse.

L'église a été construite en bois, dont une partie manquante a été fournie par les entreprises forestières de Tymovo en tant qu'aide charitable.

Le 1er avril 2005, la première Divine Liturgie a eu lieu dans l'église inachevée.

Dans la seconde moitié d'avril, les travaux principaux ont été achevés et un prêtre a été nommé à l'église.

Des services et des rites ont commencé à être régulièrement célébrés dans l'église, et la communauté a grandi et s'est renforcée. L'aménagement intérieur de l'église a continué : un iconostase à deux niveaux, des chœurs gauche et droit, ainsi que des décorations en bois sculpté ont été fabriqués et installés.

En 2005, une école du dimanche a commencé à fonctionner dans l'église, et la même année, la construction d'un bâtiment séparé pour elle a commencé.

En 2008, l'église a reçu en don une icône des Martyrs Royaux et une icône de la Sainte Vierge « Dérjavnaïa ».

Le 22 juillet 2009, la paroisse de saint Nicolas, archevêque de Myre en Lycie, a été officiellement enregistrée.

Aujourd'hui, l'église de saint Nicolas joue un rôle important dans la vie des paroissiens et de toute la ville. Des services religieux y sont régulièrement célébrés. Les prêtres et les paroissiens s'occupent des personnes handicapées et âgées locales, visitent des écoles, des hôpitaux et la caserne militaire la plus proche.

Le territoire de l'église est aménagé : il y a un clocher, un petit parc avec une fontaine et une aire de jeux pour enfants, où les parents viennent avec plaisir avec leurs enfants. L'église en bois dans le style russe traditionnel embellit la ville et en est l'attraction.