Im Jahr 1996 begannen die ersten Schritte zum Bau der Kirche. Dank der Unterstützung des Gouverneurs Igor Farhutdinov stellte die Stadtverwaltung von Juschno-Sachalinsk ein Grundstück für die Juschno-Sachaliner und Kurilen Diözese zur Verfügung, um einen Kirchenkomplex zu planen. Der Bau verzögerte sich jedoch um mehrere Jahre.

Im Herbst 2003 begann die erste Phase der Vorbereitungsarbeiten. Bis zum Herbst 2004 wurde beschlossen, an diesem Ort eine Holzkirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus, des Erzbischofs von Myra in Lykien, Wundertäter, zu errichten. Am 19. Dezember, dem Gedenktag des Heiligen Nikolaus, wurde ein Gottesdienst abgehalten und der Bau geweiht, was den Beginn einer neuen Gemeinde markierte.

Die Kirche wurde aus Holzbohlen gebaut, wobei der fehlende Teil von den Tymovsker Forstbetrieben als wohltätige Hilfe bereitgestellt wurde.

Am 1. April 2005 fand in der unvollendeten Kirche die erste Göttliche Liturgie statt.

In der zweiten Aprilhälfte wurden die Hauptarbeiten abgeschlossen, und ein Priester wurde für die Kirche eingesetzt.

In der Kirche fanden regelmäßig Gottesdienste und Zeremonien statt, und die Gemeinde wuchs und erstarkte. Die innere Gestaltung der Kirche wurde fortgesetzt: ein zweigeschossiger Ikonostase, linke und rechte Chöre sowie Holzschnitzereien wurden angefertigt und installiert.

Im Jahr 2005 begann in der Kirche die Arbeit einer Sonntagsschule, und im selben Jahr begann der Bau eines separaten Gebäudes für sie.

Im Jahr 2008 erhielt die Kirche das Geschenk eines Ikone der Königlichen Märtyrer und der Ikone der Heiligen Gottesmutter „Derschawna“.

Am 22. Juli 2009 wurde die Gemeinde des Heiligen Nikolaus, Erzbischof von Myra in Lykien, offiziell registriert.

Heute spielt die Kirche des Heiligen Nikolaus eine wichtige Rolle im Leben der Gemeindemitglieder und der ganzen Stadt. Hier finden regelmäßig Gottesdienste statt. Priester und Gemeindemitglieder kümmern sich um lokale Menschen mit Behinderungen und ältere Menschen, besuchen Schulen, Krankenhäuser und die nächstgelegene Militärbasis.

Das Gelände der Kirche ist gepflegt: Es gibt einen Glockenturm, einen kleinen Park mit einem Brunnen und einen Spielplatz, wo Eltern mit ihren Kindern gerne hingehen. Die Holzkirche im traditionellen russischen Stil schmückt die Stadt und ist eine ihrer Sehenswürdigkeiten.