Le temple a été érigé en 1838 selon le projet de l'architecte G. I. Torrichelli grâce aux efforts du gouverneur général de la région de Novorossiysk, Mikhaïl Semionovitch Vorontsov, propriétaire de l'économie d'Ak-Méchetskaya. L'église se distinguait par son clocher inhabituel, rappelant les cathédrales anglaises de l'époque de Shakespeare.

Le bâtiment de l'église, réalisé dans un style néogothique, atypique pour l'architecture religieuse russe, attirait l'attention par son originalité et servait de repère pour les navires approchant de la baie d'Ak-Méchetskaya. Dans la décoration de l'église, des éléments de l'architecture romane étaient utilisés : arches semi-circulaires des fenêtres et des portes, reliefs des colonnes à l'intérieur, sculptures sur pierre. La construction a eu lieu à une époque où le style « néogothique » était populaire en Europe et en Russie, ravivant les formes et motifs gothiques médiévaux. Vorontsov, fils de l'envoyé russe en Angleterre, avait longtemps vécu à l'étranger et était passionné par ces principes architecturaux. Au XIXe siècle, l'église des saints Zacharie et Élisabeth était principalement entretenue grâce aux fonds alloués par les Vorontsov provenant des revenus de l'économie d'Ak-Méchetskaya, tandis que les dons des paroissiens étaient modestes.

L'intérieur du temple ne se distinguait pas par son luxe. Le retable était considéré comme « vétuste », comme indiqué dans les documents ecclésiastiques, et sa description ne s'est pas conservée. Cependant, les icônes modernes de l'église méritent d'être remarquées. Les images des saints sur les icônes de saint Étienne de Saro, Zacharie et Élisabeth deviennent progressivement plus nettes. L'icône « Crucifixion du Christ », qui appartenait auparavant à N.I. Zoubov, un compagnon d'A. Soljenitsyne, a été donnée à l'église après sa mort. Le clergé était composé d'un prêtre, d'un diacre et d'un sacristain.

Il existe des informations selon lesquelles, pendant la guerre russo-turque, un boulet de canon turc a frappé l'église, et depuis lors, les Turcs ont payé un tribut à la Russie, le boulet n'ayant pas été extrait du mur. Le tribut a continué à être payé même après la révolution, jusqu'à la Seconde Guerre mondiale.

Depuis 1930, un club a été installé dans l'église, et de 1941 à 1945, elle a été utilisée comme entrepôt. En 1981, un bâtiment de deux étages pour une école de sport pour enfants et adolescents a été ajouté à l'église, avec une salle pour les activités sportives, et le bâtiment est devenu une salle de lutte, ce qui a entraîné des changements significatifs dans son apparence extérieure.

En 1990, il a été décidé de transférer le temple à la gestion de l'Église orthodoxe russe.