El templo fue construido en 1838 según el proyecto del arquitecto G. I. Torricelli gracias a los esfuerzos del gobernador general de la región de Novorossiysk, Mikhail Semenovich Vorontsov, propietario de la economía de Ak-Mechet. La iglesia se distinguía por su inusual campanario, que recordaba a las catedrales inglesas de la época de Shakespeare.

El edificio de la iglesia, realizado en estilo neogótico, atípico para la arquitectura de templos rusos, atraía la atención por su originalidad y servía como un punto de referencia para los barcos que se acercaban a la bahía de Ak-Mechet. En la decoración de la iglesia se utilizaron elementos de la arquitectura románica: arcos de medio punto en ventanas y puertas, relieves en las columnas interiores, tallas en piedra. La construcción se llevó a cabo en un período de popularidad en Europa y Rusia del estilo "neogótico", que revivía formas y motivos góticos medievales. Vorontsov, hijo del enviado ruso en Inglaterra, vivió mucho tiempo en el extranjero y se sintió atraído por estos principios arquitectónicos. En el siglo XIX, la iglesia de los santos Zacarías y Elisabet se mantenía principalmente con fondos proporcionados por los Vorontsov de los ingresos de la economía de Ak-Mechet, mientras que las donaciones de los feligreses eran modestas.

El interior del templo no se caracterizaba por el lujo. El iconostasio se consideraba "vetusto", como se indica en los documentos de la iglesia, y su descripción no se ha conservado. Sin embargo, los íconos modernos en la iglesia merecen atención. Gradualmente se están restaurando las imágenes de los santos en los íconos de San Esteban de Sarov, Zacarías y Elisabet, volviéndose más nítidas. El ícono "Crucifixión de Cristo", que anteriormente perteneció a N.I. Zubov, compañero de A. Solzhenitsyn, fue entregado a la iglesia tras su muerte. El clero estaba compuesto por un sacerdote, un diácono y un sacristán.

Hay información de que durante la guerra ruso-turca, un proyectil turco impactó en la iglesia, y desde entonces los turcos pagaron tributo a Rusia, sin extraer el proyectil de la pared. El tributo continuó pagándose incluso después de la revolución, hasta la Segunda Guerra Mundial.

Desde 1930, la iglesia albergó un club, y desde 1941 hasta 1945 se utilizó como almacén. En 1981, se anexó un edificio de dos pisos para una escuela deportiva juvenil con un gimnasio, y el edificio se convirtió en un salón de lucha, lo que llevó a cambios significativos en su apariencia exterior.

En 1990 se tomó la decisión de transferir la iglesia a la administración de la Iglesia Ortodoxa Rusa.