Le 2 mai 1904, une assemblée villageoise s'est tenue à Gelendzhik pour discuter de la construction d'une nouvelle église en pierre. La décision a été envoyée au gouverneur de la mer Noire, qui a demandé la bénédiction à l'évêque de Soukhoumi et de la mer Noire. La réponse a été positive. L'assemblée a décidé d'allouer 10 000 roubles des fonds publics pour la construction et de réserver environ 2 hectares de terrain municipal. Les travaux ont rencontré des difficultés. En 1905, l'entrepreneur est devenu M. Grechkin, un constructeur et agriculteur local. Lors de la préparation du site, le clocher en bois a été déplacé sur des pilotis. Le projet de l'église a été élaboré par l'architecte Vassiliev, et les murs intérieurs ont été peints par l'artiste Sarakhtin.

Au printemps 1909, la construction a été achevée, et le 6 mai, la veille de la fête de l'Ascension du Seigneur, l'église a été consacrée par l'évêque Dmitri. Le premier prêtre a été le protodiacre Ioann Sudnitsin, qui avait précédemment servi à Novorossiysk. Il a dirigé la construction tout en continuant les services dans l'ancien bâtiment.

L'église est construite dans le style architectural classique russe, avec cinq coupoles, un dôme central et un clocher à trois niveaux.

Depuis 1914, les guerres et les révolutions ont touché la Russie, et l'église a connu de nombreuses difficultés. Jusqu'au milieu des années 1930, elle est restée ouverte, mais a ensuite été fermée, et le prêtre a été arrêté et exécuté.

L'église a été ressuscitée pendant la Grande Guerre patriotique. Le 8 septembre, un concile des évêques s'est tenu à Moscou, élisant le patriarche Serge. Le 8 février 1945, un contrat de location de l'église a été signé. La communauté a effectué des réparations, et les services ont repris.

Cependant, les autorités municipales n'étaient pas satisfaites de l'église au centre de la ville. En 1947, une partie du terrain de l'église a été transférée à des écoles. En 1949, le terrain a de nouveau été réduit, et en 1950, l'église a été fermée, bien que le contrat de location n'ait pas été résilié. Aux croyants, il a été proposé de déplacer les services dans une chapelle au cimetière.

En 1952, le bâtiment de l'église est devenu municipal, et en 1953, il a été transféré pour la construction d'une école. L'école a été construite sans détruire l'église, qui a été utilisée comme entrepôt.

En 1979, le bâtiment a été reconnu monument architectural. En 1984, il était prévu d'y installer un musée, mais le projet n'a pas été réalisé.

En 1990, l'église a été restituée aux croyants, et l'école n° 3 a été déplacée. Une communauté ecclésiastique et un conseil ont été créés. En 1991, le protodiacre Vladimir (Sazonov) est devenu le prêtre. La communauté a commencé la restauration, rétablissant la peinture détruite.

Le 23 mai 1993, l'archevêque Isidore a consacré l'église. Une école du dimanche pour les enfants de 6 à 13 ans fonctionne à l'église.