Am 2. Mai 1904 fand in Gelendschik eine Dorfsversammlung statt, auf der der Bau einer neuen Steinkirche diskutiert wurde. Die Entscheidung wurde an den Gouverneur des Schwarzen Meeres gesendet, der um den Segen des Bischofs von Suchum und dem Schwarzen Meer bat. Die Antwort war positiv. Auf der Versammlung wurde beschlossen, 10.000 Rubel aus öffentlichen Mitteln für den Bau bereitzustellen und etwa 2 Hektar städtisches Land zuzuweisen. Die Arbeiten verliefen mit Schwierigkeiten. 1905 wurde Herr Gretschin, ein lokaler Bauunternehmer und Landwirt, als Auftragnehmer engagiert. Bei der Vorbereitung des Geländes wurde der hölzerne Glockenturm auf Pfählen versetzt. Das Projekt der Kirche wurde von dem Architekten Wassiljew entworfen, und die Innenwände wurden von dem Künstler Sarachtin bemalt.

Im Frühjahr 1909 wurde der Bau abgeschlossen, und am 6. Mai, am Vorabend des Festes der Himmelfahrt des Herrn, weihte Bischof Dmitri die Kirche ein. Der erste Pfarrer wurde Protopresbyter Ioann Sudnitsin, der zuvor in Noworossijsk gedient hatte. Er leitete den Bau und setzte die Gottesdienste im alten Gebäude fort.

Die Kirche wurde im russischen klassischen Stil erbaut, mit fünf Kuppeln, einer zentralen Kuppel und einem dreigeschossigen Glockenturm.

Seit 1914 hatten Kriege und Revolutionen Russland betroffen, und die Kirche erlebte viele Schwierigkeiten. Bis zur Mitte der 1930er Jahre blieb sie geöffnet, wurde dann jedoch geschlossen, und der Pfarrer wurde verhaftet und erschossen.

Die Kirche wurde während des Großen Vaterländischen Krieges wiederbelebt. Am 8. September fand in Moskau ein Bischofssynode statt, die Patriarch Sergius wählte. Am 8. Februar 1945 wurde ein Mietvertrag für die Kirche unterzeichnet. Die Gemeinde führte Renovierungsarbeiten durch, und die Gottesdienste wurden wieder aufgenommen.

Die Stadtbehörden waren jedoch mit der Kirche im Stadtzentrum unzufrieden. 1947 wurde ein Teil des Kirchengebiets für Schulen abgegeben. 1949 wurde das Gebiet erneut verkleinert, und 1950 wurde die Kirche geschlossen, obwohl der Mietvertrag nicht gekündigt wurde. Den Gläubigen wurde angeboten, die Gottesdienste in eine Kapelle auf dem Friedhof zu verlegen.

1952 wurde das Gebäude der Kirche kommunal, und 1953 wurde es für den Bau einer Schule übergeben. Die Schule wurde gebaut, ohne die Kirche zu zerstören, die als Lager genutzt wurde.

1979 wurde das Gebäude als Architekturdenkmal anerkannt. 1984 war geplant, darin ein Museum unterzubringen, aber das Projekt wurde nicht realisiert.

1990 wurde die Kirche den Gläubigen zurückgegeben, und die Schule Nr. 3 wurde verlegt. Eine Kirchgemeinde und ein Rat wurden gegründet. 1991 wurde Protopresbyter Wladimir (Sazonov) zum Pfarrer. Die Gemeinde begann mit der Restaurierung und stellte die zerstörte Malerei wieder her.

Am 23. Mai 1993 weihte Erzbischof Isidor die Kirche. An der Kirche gibt es eine Sonntagsschule für Kinder von 6 bis 13 Jahren.