La cérémonie solennelle de la pose de la première pierre de l'église à Balakovo a eu lieu le 28 juillet 1909. La construction a commencé en 1910 et s'est achevée à l'automne 1912, lorsque 17 cloches ont été hissées en octobre. Selon des historiens locaux, la construction était dirigée par l'ingénieur Antonov, travaillant sous la supervision de l'architecte Fiodor Chekhtele. Entre 1912 et 1913, Chekhtele s'est occupé de la finition extérieure de l'église.

L'architecte Chekhtele a choisi un emplacement pour la construction sur la haute berge de la rivière Balakovka, afin que l'église soit visible depuis la Volga et ferme la perspective de la place Ambarnaïa. Pendant la période de crue, des bateaux à vapeur et des barges de fret accostaient au port de pain de Balakovo, adjacent à la place. L'église est devenue la dominante de la place et a laissé une impression favorable aux visiteurs de Balakovo.

Après le transfert du bâtiment à l'autorité gouvernementale, le président du conseil municipal A. Karpoukhine a envoyé en 1930 une demande à Leningrad concernant la valeur du bâtiment. Dans la lettre du directeur du CGRM I. Grabar, il était indiqué que le bâtiment n'était pas un monument architectural et n'était pas protégé par l'État, mais que la peinture iconographique représentait une valeur particulière en tant que monument d'art monumental et était sous la gestion de Glavnouka.

En 1930, en même temps que la destruction de toutes les églises de la ville, les dômes du volume central et le clocher de l'église de la Trinité ont été détruits. La cloche supérieure, les absides et la barrière de l'autel ont été démontées. Du deuxième étage du clocher, la célèbre cloche a été jetée, se brisant, et ses morceaux ont été ramassés par la police et emportés. Un acte d'inspection du bâtiment de l'église de Belokrinitska de 1930 a été conservé, indiquant que le bâtiment devait être adapté en théâtre municipal. On ne sait rien du sort des précieuses icônes anciennes russes acquises par A. Maltsev. Le théâtre a été nommé d'après Tchapaev, et le bâtiment a été fortement défiguré, l'autel transformé en boîte de scène.

En 1989, le bâtiment a été officiellement remis à l'Église orthodoxe russe, et la restauration active de l'église a commencé sous la direction du père Anatoli Shumov, qui a consacré toutes ses forces à cette tâche. De nombreuses personnes ont participé à la restauration : l'administration municipale, des spécialistes et des dirigeants de diverses organisations et entreprises, des architectes, des constructeurs, des artistes et des paroissiens. Le processus de restauration a été complexe et lié à de nombreux problèmes. Chaque pièce, construction et matériau nécessitait des solutions précises.

En 1996, le dôme avec la coupole et la croix a été restauré, puis le clocher. Une inspection technique des structures porteuses du dôme central a révélé une rupture de la liaison de la base du tambour. Le poids du dôme avec la coupole intérieure était de 220 tonnes, et la poursuite de la restauration était impossible sans assurer la capacité portante nécessaire des structures. Le projet de D. Goloubinov ne résolvait pas ce problème, c'est pourquoi des spécialistes V. A. Aridov et A.A. Zemliansky ont été impliqués, qui ont élaboré des calculs et des dessins pour assurer la capacité portante de l'anneau de support du tambour. Les propositions du projet de Lilia Veselova ont également été prises en compte.

Il reste encore beaucoup de travail avant l'achèvement complet, y compris la réalisation de l'iconostase, la peinture de l'église selon les esquisses de l'auteur et la fabrication de meubles. Cependant, on peut déjà dire que la reconstruction se rapproche de l'idée du grand architecte Chekhtele. L'église, tel un phénix, renaît de ses cendres.