L'histoire de la paroisse de la Sainte-Trinité a commencé en 1989, lorsque les habitants d'Azov, assistant aux services religieux dans l'église de la Protection de la Vierge du village de Kagalnik, ont demandé aux autorités locales d'ouvrir une église orthodoxe dans la ville. Il n'a pas été facile d'obtenir l'autorisation, il a fallu se rendre à Moscou. Finalement, les autorités locales ont transféré un petit bâtiment à la paroisse, que les fidèles ont rénové par leurs propres moyens. Rapidement, des services religieux ont commencé à être célébrés régulièrement dans la maison de prière de la Sainte-Trinité. Cependant, le bâtiment s'est avéré trop petit pour tous les croyants, et il a été décidé de construire une nouvelle église de la Sainte-Trinité.

Le 18 août 1989, un terrain a été attribué pour sa construction, et déjà le 2 février 1990, une petite église a été érigée. La même année, les préparatifs pour la construction de la grande église ont commencé, et les travaux ont débuté en 1991. En 1994, malgré la construction inachevée, des services religieux ont commencé à être célébrés dans la nouvelle église de la Sainte-Trinité.

En 2000, la construction du clocher a été achevée, où des cloches fabriquées à Voronej ont été installées. En 2001, les murs de l'église ont été revêtus de briques et le domaine a été aménagé. Les travaux les plus significatifs ont eu lieu en 2004 : une reconstruction et une réhabilitation majeures de l'église ont été réalisées, le toit a été recouvert de cuivre, et un iconostase sculpté à cinq niveaux a été installé. Toutes les difficultés ont été surmontées, et le processus s'est terminé avec succès.

En 2007, la peinture de l'église a commencé. Il reste encore beaucoup de travail à faire, tant dans l'église elle-même que dans le centre éducatif, où des classes, des auditoriums et des ateliers sont prévus. Une école du dimanche agréée fonctionne à l'église, apportant un soutien spirituel à la colonie féminine d'Azov n° 18 (Уч398/18). Un centre de jeunesse orthodoxe de développement spirituel et éducatif est également en activité.