Selon les livres patriarcaux, l'église paroissiale « Kira et Ioann sous Simonov, à Kozhevniki » a été fondée dans le faubourg de Kozhevna au début du XVIIe siècle. D'après les registres ecclésiastiques de 1686-1688, le temple a été reconstruit sur ordre des tsars Ivan et Pierre Alexeïevitch, ainsi que de la tsarévna Sophie Alexeïevna, sur des terres allouées du pré du Palais de Kozhevniki, et a été consacré le 17 août 1702.

La date exacte de construction du clocher est inconnue, mais il est supposé qu'il a été érigé avant 1714, lorsque la construction en pierre a été interdite. Il est possible que le projet du clocher ait été élaboré par l'architecte I.P. Zarudny. Au fil des ans, le complexe du temple a subi des modifications : entre le clocher et le carré, une salle à manger avec deux chapelles a été construite, achevée en 1766. La galerie du clocher a été érigée entre 1767 et 1772. Les grands incendies de Moscou de 1737 et 1812 n'ont pas causé de dommages significatifs à l'église de la Trinité, elle a seulement légèrement brûlé.

En 1823, à la demande des clercs et des paroissiens, l'église a été entourée d'une clôture en pierre. La décoration des différentes parties du complexe (temple, clocher, salle à manger avec chapelles) ne présente pas d'unité stylistique. Dans la décoration des façades du temple, on trouve des traits du « baroque moscovite » : les ouvertures des fenêtres sont encadrées de colonnes à trois quarts avec des chapiteaux ioniques, et les entrées sont ornées de portails en pierre blanche sculptés avec des colonnes torsadées et des chapiteaux corinthiens. Les arêtes des tambours octogonaux sont mises en valeur par de fines colonnes. Le temple avait un riche intérieur grâce aux dons des marchands moscovites Bakhrushins. Alexeï Alexandrovitch Bakhrushin, fondateur du Musée du Théâtre, s'est marié dans ce temple.

Le clocher est décoré d'éléments caractéristiques du baroque du milieu du XVIIIe siècle : guirlandes en stuc, têtes d'anges et volutes. Les angles des niveaux octogonaux sont ornés de pilastres engagés. Les façades de la galerie sont divisées par des pilastres et des colonnes de l'ordre corinthien, tandis que les parties centrales des façades sont décorées de frontons en arc avec l'image de l'archange Michel. La salle à manger avec chapelles est décorée de corniches, de pilastres et de chapiteaux sur des tambours octogonaux.

L'église de la Trinité, grâce à sa hauteur et à son silhouette, était un élément dominant visuel de la construction peu élevée du faubourg de Kozhevniki. Au XVIIIe et au début du XIXe siècle, l'église possédait une parcelle de terrain significative, sur laquelle se trouvaient des maisons pour le clergé et un hospice. Avec l'expansion de la ville, le quartier a commencé à être construit avec des entreprises industrielles et des immeubles de grande hauteur, et une ligne de chemin de fer est apparue. La parcelle de l'église a été presque entièrement construite : à côté du temple, des bâtiments d'usine ont été érigés, et dans les années 1930, un bâtiment scolaire. En 1935, le temple a été fermé et pillé. Par la suite, des entrepôts, des logements et un atelier d'usine ont été installés ici, puis des ateliers du Comité scientifique et de restauration de l'Union soviétique.

Le premier projet de restauration de l'église de la Trinité a été élaboré en 1953-1954, et des travaux de restauration du clocher ont été réalisés en 1972-1974. En 1983, un projet de restauration a été réalisé pour l'adapter en salle de concert pour le Chœur de chambre d'État du Ministère de la Culture de l'URSS. La restauration a eu lieu de 1983 à 1994, mais l'adaptation n'a pas été réalisée, car en 1992, le temple a été restitué à l'Église orthodoxe russe.