L'église dédiée aux saints martyrs Flora et Lavra est mentionnée dès le début du XVIIe siècle. À l'origine, elle était en bois et avait une chapelle en l'honneur des saints Cosme et Damien. Le temple se trouvait dans le faubourg, nommé en son honneur Flora, l'un des plus anciens de Tula, situé derrière les portes Nikolaïevski du quartier de la ville terrestre. Ces portes se trouvaient à peu près là où la rue Metallistov croise la rue Sovetskaya aujourd'hui. D'ici 1710, l'église était déjà en pierre, et en 1748, grâce aux fonds des paroissiens, une chapelle en pierre de Cosme et Damien a été construite. À peu près à la même époque, une chapelle en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu « Znameniye » est apparue. Au début des années 1770, l'église était en mauvais état, et il a été décidé de construire un nouveau bâtiment en l'honneur de la Mère de Dieu de Bogolyubovo avec les chapelles de Flora et Lavra à droite et de Cosme et Damien à gauche. D'abord, les chapelles ont été construites et consacrées en 1779, et le maître-autel avec l'iconostase a été achevé en 1796. Depuis ce temps, l'église a été officiellement appelée Bogolyubskaya, mais dans le peuple, le nom de Flora et Lavra a perduré.

L'architecture de l'église combine des éléments de baroque et de classicisme. La salle à manger a été construite avec des éléments baroques, tels que des angles arrondis et un toit mansardé, tandis que le bâtiment de l'église lui-même présente des portiques à colonnes stricts et un tambour lisse, caractéristiques du classicisme. Cependant, des détails baroques ont été conservés dans l'architecture, tels que le dôme angulaire et les lucarnes décoratives. L'espace intérieur de l'église est unique en ce sens qu'il n'a pas de colonnes porteuses, toute la charge étant transférée sur les voûtes. L'architecte du volume principal du temple est considéré comme K.S. Sokólnikov, bien que certains chercheurs estiment qu'il a participé à la construction du clocher. Jusqu'au XIXe siècle, l'ancienne cloche était attachée à l'église, mais en 1806, une demande a été faite pour la construction d'une nouvelle, achevée en 1830. En 1834, la plus grande cloche pesant 519 pouds a été acquise, financée par le marchand Poddelshchikov.

La principale relique du temple était l'icône de la Mère de Dieu de Bogolyubovo, connue pour ses miracles, surtout en période d'épidémies. En 1892 et 1893, craignant le choléra, les habitants de Tula ont remplacé le manteau en argent de l'icône par un manteau en or avec des diamants, fabriqué en 1894. L'église abritait également une ancienne armoire en noyer pour le stockage des livres et des ustensiles, selon la légende, apportée des Pays-Bas par les marchands Luginin. Les saints Flora et Lavra étaient considérés comme les protecteurs de l'élevage de chevaux, c'est pourquoi le jour de leur mémoire, les gens se rassemblaient pour bénir les chevaux. En 1894, une école paroissiale a été ouverte près de l'église.

Dans le répertoire de 1925, l'église de Flora et Lavra a été classée dans le baroque de Saint-Pétersbourg. En 1929, une décision a été prise de démolir l'église, mais elle a été sauvée grâce à sa reconnaissance en tant que monument d'architecture du XVIIIe siècle. Dans les années 1930, le temple a été fermé et transféré à une usine d'armement, où une cantine et des entrepôts ont été aménagés. Au début des années 1970, le bâtiment était en ruine, mais au milieu des années 1970, sa conservation a été réalisée. En 1991, l'église a été mise sous protection d'État en tant que monument d'histoire et de culture.

En 1990, le temple a été restitué à l'Éparchie de Tula. Il était dans un état lamentable : sans chauffage ni éclairage, avec des fenêtres brisées et un sol bétonné. Il a fallu briser manuellement le béton et l'enlever. D'ici décembre 1991, des travaux de chauffage, de toiture et de finition ont été réalisés, et un nouveau porche a été construit. Aujourd'hui, une bibliothèque et une école du dimanche fonctionnent près du temple.