La iglesia, dedicada a los santos mártires Flora y Lavra, se menciona ya a principios del siglo XVII. Originalmente era de madera y tenía un altar en honor a los santos Cosme y Damián. El templo se encontraba en la sloboda, llamada en su honor Florovskaya, una de las más antiguas de Tula, situada detrás de las puertas Nikolskye de la Ciudad de Tierra. Estas puertas estaban aproximadamente donde ahora la calle Metalistov cruza con la calle Sovetskaya. Para 1710, la iglesia ya era de piedra, y en 1748, con los fondos de los feligreses, se construyó un altar de piedra de Cosme y Damián. Aproximadamente en ese mismo tiempo apareció un altar en honor a la imagen de la Madre de Dios "Znamenie". A principios de la década de 1770, la iglesia se había deteriorado, y se decidió construir un nuevo edificio en honor a la Santísima Virgen de Bogolyubskaya con los altares de Flora y Lavra a la derecha y de Cosme y Damián a la izquierda. Primero se construyeron y consagraron los altares en 1779, y el altar principal con el iconostasio se completó en 1796. Desde ese momento, la iglesia se llamó oficialmente Bogolyubskaya, pero en el pueblo se mantuvo el nombre de Flora y Lavra.

La arquitectura de la iglesia combina elementos de barroco y clasicismo. La sala de la cena fue construida con elementos barrocos, como esquinas redondeadas y un techo a dos aguas, mientras que el edificio de la iglesia en sí tiene estrictos pórticos de columnas y un tambor liso, característicos del clasicismo. Sin embargo, en la arquitectura también se conservan detalles barrocos, como la cúpula facetada y las lucernas decorativas. El espacio interior de la iglesia es único porque no tiene columnas de soporte, y toda la carga se transfiere a las bóvedas. El arquitecto del volumen principal del templo se considera que fue K.S. Sokólnikov, aunque según algunos investigadores, él participó en la construcción del campanario. Hasta el siglo XIX, la iglesia tenía un antiguo campanario, pero en 1806 se presentó una solicitud para construir uno nuevo, que se completó en 1830. En 1834 se adquirió la campana más grande, que pesaba 519 puds, financiada por el comerciante Poddelshchikov.

La principal reliquia del templo era el ícono de Bogolyubskaya de la Madre de Dios, conocido por sus milagros, especialmente durante las epidemias. En 1892 y 1893, temiendo el cólera, los tulenses reemplazaron la túnica de plata del ícono por una de oro con diamantes, fabricada en 1894. En la iglesia también había un antiguo armario de nuez para almacenar libros y utensilios, que según la leyenda fue traído de Holanda por los comerciantes Luginins. Los santos Flora y Lavra eran considerados los patronos de la cría de caballos, por lo que en el día de su memoria, se reunían para bendecir a los caballos. En 1894, se abrió una escuela parroquial en la iglesia.

En la guía de 1925, la iglesia de Flora y Lavra fue clasificada como barroco de San Petersburgo. En 1929, se tomó la decisión de demoler la iglesia, pero fue salvada gracias al reconocimiento de su valor como monumento arquitectónico del siglo XVIII. En la década de 1930, el templo fue cerrado y entregado a una fábrica de armas, donde se instalaron un comedor y almacenes. A principios de la década de 1970, el edificio estaba en ruinas, pero a mediados de la década de 1970 se llevó a cabo su conservación. En 1991, la iglesia fue puesta bajo protección estatal como monumento de historia y cultura.

En 1990, el templo fue devuelto a la diócesis de Tula. Se encontraba en un estado lamentable: sin calefacción ni iluminación, con ventanas rotas y un suelo de hormigón. Tuvo que romperse manualmente el hormigón y sacarlo. Para diciembre de 1991, se realizaron trabajos de calefacción, techado y acabado, y se construyó un nuevo pórtico. Hoy en día, en el templo funcionan una biblioteca y una escuela dominical.