L'église du saint prince bienheureux Alexandre Nevsky à Jérusalem a été conçue par la Société impériale orthodoxe palestinienne (IPPO) comme un monument à l'empereur Alexandre III, fondateur de la société.

Lors des fouilles archéologiques sur le site russe dans la vieille ville de Jérusalem de 1861 à 1884, des artefacts anciens ont été découverts, y compris le Seuil de la Porte du Jugement, par lequel Jésus-Christ est passé pour être exécuté.

En 1884, l'IPPO a décidé d'ériger un bâtiment au-dessus du sanctuaire, d'abord appelé « Maison russe », puis renommé en Cour d'Alexandre en l'honneur de l'empereur Alexandre III.

La construction de la cour a eu lieu de 1887 à 1891 sous la direction des représentants de l'IPPO à Jérusalem, Dmitri Smyshlyaev et N. G. Mikhaïlov.

La société a décidé d'inclure dans le complexe architectural une église domestique, cachant cela des autorités de l'Empire ottoman et du patriarche de Jérusalem Nicodème en raison de la proximité du Saint-Sépulcre et des obstacles possibles à l'obtention d'un permis de construire. Jusqu'en 1890, les informations sur la construction de l'église sont restées secrètes, mais il est bientôt devenu impossible de cacher les particularités du bâtiment.

Le tsarévitch Nicolas Alexandrovitch prévoyait de demander au sultan la permission de construire l'église lors de sa visite en Terre Sainte. L'IPPO se préparait à son arrivée, ayant achevé la construction du complexe de la cour d'une superficie de 1342 m² avec une église encore non aménagée. Le 5 septembre 1891, la cour d'Alexandre a été consacrée solennellement, mais l'église n'était pas encore prête, le retable attendant la permission du sultan. Sur les murs ouest, des icônes de V. F. Paskhin et de Nicolas Kosholev représentant l'histoire passionnelle du Christ ont été placées.

L'obtention du firman du sultan a été retardée de 4 ans supplémentaires. En 1894, Alexandre III est décédé, et le grand-duc Serge Alexandrovitch a décidé d'immortaliser sa mémoire par la construction d'une église au nom de Saint Alexandre Nevsky. Après des négociations avec le patriarche de Jérusalem Gérasime et les autorités turques, la question a été résolue en avril 1896.

Le 22 mai 1896, le patriarche de Jérusalem Gérasime a consacré l'église Alexandre Nevsky en co-célébration avec l'archimandrite Raphaël et de nombreux membres du clergé. L'organisation des festivités a impliqué le représentant de l'IPPO N. G. Mikhaïlov, le consul général russe Alexeï Kruglov et d'autres. À ce moment-là, les cloches de Pâques résonnaient dans la cathédrale de la Trinité et l'église de la Transfiguration sur le mont des Oliviers. Le secrétaire de l'IPPO, Vassili Khitrovo, a chargé N. G. Mikhaïlov de veiller à ce qu'une panikhida pour l'empereur et tous ceux mentionnés dans la Maison russe soit célébrée chaque jeudi dans l'église Saint-Alexandre Nevsky.