La iglesia del santo príncipe Alejandro Nevski en Jerusalén fue concebida por la Sociedad Palestina Ortodoxa Imperial (IPPO) como un monumento al emperador Alejandro III, fundador de la sociedad.

Durante las investigaciones arqueológicas en el lugar ruso en la vieja ciudad de Jerusalén de 1861 a 1884 se descubrieron antiguos artefactos, incluyendo el Umbral de la Puerta del Juicio, por donde Jesucristo pasó a la ejecución.

En 1884, la IPPO decidió construir un edificio sobre el santuario, inicialmente llamado "Casa Rusa", y luego renombrado como el convento de Alejandro en honor al emperador Alejandro III.

La construcción del convento se llevó a cabo de 1887 a 1891 bajo la dirección de los representantes de la IPPO en Jerusalén, Dmitri Smyslyaev y N. G. Mijailov.

La sociedad decidió incluir en el complejo arquitectónico una iglesia doméstica, ocultándolo de las autoridades del Imperio Otomano y del patriarca de Jerusalén, Nicodemo, debido a la proximidad al Santo Sepulcro y posibles obstáculos para obtener el permiso de construcción. Hasta 1890, la información sobre la construcción de la iglesia permaneció en secreto, pero pronto se hizo imposible ocultarla debido a las características del edificio.

El zarévich Nicolás Alexandrovich planeaba pedir al sultán permiso para construir la iglesia durante su visita a la Tierra Santa. La IPPO se preparaba para su llegada, completando la construcción del complejo del convento de 1342 m² con la iglesia aún no acondicionada. El 5 de septiembre de 1891 se llevó a cabo la solemne consagración del convento de Alejandro, pero la iglesia aún no estaba lista, el iconostasio esperaba el permiso del sultán. En las paredes occidentales se colocaron íconos de V. F. Paskhin y Nikolai Koshelev, que representan la historia pasional de Cristo.

La obtención del firman del sultán se retrasó otros 4 años. En 1894, falleció Alejandro III, y el gran duque Sergio Alexandrovich decidió perpetuar su memoria construyendo la iglesia en nombre de San Alejandro Nevski. Después de negociaciones con el patriarca de Jerusalén, Gerasim, y las autoridades turcas, la cuestión se resolvió para abril de 1896.

El 22 de mayo de 1896, el patriarca de Jerusalén, Gerasim, consagró la iglesia de Alejandro Nevski en la cocelebración del archimandrita Rafael y numerosos clérigos. En la organización de las festividades participaron el comisionado de la IPPO N. G. Mijailov, el cónsul general ruso Alexei Kruglov y otros. En ese momento, en la catedral de la Trinidad y en la iglesia de la Ascensión en el monte de los Olivos sonaba la campana de Pascua. El secretario de la IPPO, Vasili Jitrovo, encargó a N. G. Mijailov asegurarse de que los jueves se celebrara una panikhida en la iglesia de San Alejandro Nevski por el emperador y todos los mencionados en la Casa Rusa.