La grande consécration de l'église de saint Nicolas a eu lieu le 11 juin 2016, présidée par l'archevêque de Serguiev Possad, Théognoste, higoumène du monastère de la Sainte-Trinité de Serguiev.

L'église de saint Nicolas, archevêque de Myre en Lycie et miracle, est située dans la partie sud du clocher à cinq niveaux près des portes orientales du monastère. Elle a été fondée en même temps que le clocher en 1895, et la construction selon le projet d'Alexandre Afanassievitch Latkov a été achevée en 1900. Le clocher et ses chapelles sont réalisés dans le style russe, afin de compléter l'ensemble architectural de la section souterraine du skite de Gethsémani. Les chapelles sud et nord, harmonieusement intégrées dans l'ensemble, se distinguent par leur abside d'autel et leur toit en forme de bulbe, répétant la forme des niveaux supérieurs du clocher. Pendant les années de persécution religieuse, l'état du clocher s'est détérioré, et il a, avec ses chapelles, été laissé à l'abandon. La maçonnerie en briques s'est détériorée, et après un ouragan, le toit du clocher a été détruit. Malgré cela, l'église de saint Nicolas a été l'une des premières à être restaurées dans le skite en 1991. Pour la grande consécration, une restauration complète du sanctuaire était nécessaire. Grâce aux efforts de personnes bienveillantes, l'église a retrouvé son aspect majestueux. En 2011, un iconostase en bois sculpté a été installé. Dans le cadre des travaux architecturaux sur le clocher, des réparations et la pose de nouvelles briques ont été effectuées à l'extérieur de la chapelle, et le toit a été recouvert de nouveau cuivre. L'intérieur a été achevé par des fresques et l'installation de vitraux. Dans cet état rénové, l'église s'est présentée aux fidèles en ce jour solennel. La grande consécration de l'église restaurée a été célébrée par l'archevêque de Serguiev Possad Théognoste, en co-service avec la fraternité du skite. Dans son discours, l'archiprêtre Théognoste a noté que les Écritures commencent par des mots sur la création du ciel et de la terre, où la terre représente le monde matériel, et le ciel, le spirituel. L'église de Dieu est un lieu de rencontre entre le ciel et la terre, où l'on ressent le battement de la vie éternelle. Avec la bénédiction de Sa Sainteté le Patriarche de Moscou et de toute la Russie Cyrille, la consécration de l'église a été célébrée en mémoire de saint Nicolas. L'archiprêtre a souhaité que le Seigneur garde tous en bonne santé et en quête de l'église de Dieu, car seule l'espérance en la vie éternelle donne un sens particulier à la vie terrestre.