En 1772, un décret a été émis interdisant d'enterrer les morts dans les limites de la ville, près des églises paroissiales. En conséquence, un terrain a été alloué pour le cimetière de la ville sur la colline rouge derrière l'église de Pokrov. Le 1er juillet 1772, une procession a eu lieu depuis la cathédrale de l'Assomption vers le nouveau cimetière, et une croix a été installée à l'emplacement de l'église du cimetière à venir. Le 22 mai 1774, une nouvelle procession a eu lieu depuis la cathédrale de l'Assomption vers le cimetière, où, après un office, une église en bois a été posée, transportée de la volost de Soukhonskaïa Eragodskaya depuis le pogost de la Nativité du Christ.

L'église a été consacrée le 15 octobre 1774 au nom de saint Stéphane de Velikoperm. Le 4 août 1799, l'évêque de Vologda et de Veliki Oustyug, Arseni, a délivré un acte pour la construction d'une église en pierre de Stéphane de Perm. Le 30 juin 1800, les fondations de l'église en pierre au nom de la Mère de Dieu de Toutes les Affligées ont été posées, avec des chapelles au nom de saint Stéphane de Perm et du vénérable Théodose de Totem, le miracle. La construction a été financée par les paroissiens sous la direction des marchands Iamchikovs. Le clocher de l'église du cimetière de Stéphane a été construit en même temps que le temple et avait neuf cloches de tailles différentes. La plus grande d'entre elles, fondue en 1807, pesait 107 pouds 30 livres et était ornée d'images de la Crucifixion du Seigneur, de la Mère de Dieu et de Nicolas le Miracle. Le temps de fabrication et le poids de la deuxième plus grande cloche sont inconnus. La troisième cloche, pesant 12 pouds, a été fondue à Oustyug en 1786. Les autres cloches étaient petites et sans particularité.

Dans les années 1960, un décret secret du Comité central du PCUS, signé par Nikita Sergueïevitch Khrouchtchev, a été émis pour la liquidation des églises en URSS. Les autorités locales devaient exécuter cet ordre. À Veliki Oustyug, il a été décidé que les inspecteurs ne se rendaient pas au cimetière, et par un décret de l'exécutif du 8 janvier et du 6 mai 1964, la cathédrale de Prokopiev a été fermée, ne laissant aux croyants que l'église du cimetière de Stéphane de Perm. En conséquence, des réparations devaient être effectuées dans l'église : installer un iconostase, un chauffage à vapeur, poser des planchers, nettoyer et peindre les murs, décorer les temples, aménager les chœurs, le tambour et le porche, blanchir les murs extérieurs et peindre les croix sur les dômes. De plus, la chapelle au nom de Théodose de Totem a été supprimée, et à sa place, une châsse de Prokopiy le Juste a été installée depuis la cathédrale de Prokopiev.

En 1965 et 1966, le toit et les dômes du temple ont été peints, l'iconostase dans la chapelle de Stéphane a été dorée, les icônes ont été restaurées et les niches ont été décorées. En 1970, les toits ont été refaits, l'iconostase dans la chapelle a été reconstruite, la chapelle a été réparée et le dôme a été décoré. Peu à peu, l'église de Stéphane de Perm a retrouvé un aspect digne pour les services religieux. Jusqu'en 1991, c'était le seul temple paroissial actif à Veliki Oustyug.