Im Jahr 1772 wurde ein Erlass erlassen, der die Beerdigung von Verstorbenen innerhalb der Stadtgrenzen und an den Gemeindekirchen verbot. Daher wurde ein Grundstück für den städtischen Friedhof auf dem Roten Berg hinter der Pokrowskaja-Kirche ausgewiesen. Am 1. Juli 1772 fand ein Kreuzgang von der Uspenskij-Kathedrale zum neuen Friedhof statt, und an dem Ort der zukünftigen Friedhofskirche wurde ein Kreuz aufgestellt. Am 22. Mai 1774 fand erneut ein Kreuzgang von der Uspenskij-Kathedrale zum Friedhof statt, wo nach einem Gebet eine Holzkirche eingeweiht wurde, die aus der Sukhonskaja-Jerogodskaja-Gemeinde von der Pfarrei der Geburt Christi gebracht wurde.

Die Kirche wurde am 15. Oktober 1774 im Namen des Heiligen Stefan von Großperm geweiht. Am 4. August 1799 erteilte der Bischof von Wologda und Groß-Ustyug, Arsenij, eine Genehmigung zum Bau einer Steinkirche des Heiligen Stefan von Perm. Am 30. Juni 1800 wurde das Fundament der Steinkirche im Namen der Gottesmutter aller Trauernden Freude mit Seitenaltären im Namen des Heiligen Stefan von Perm und des heiligen Theodosij von Totma, des Wundertäters, gelegt. Der Bau wurde mit Mitteln der Gemeindemitglieder unter der Leitung der Kaufleute Jamshchikov durchgeführt. Der Glockenturm der Stefan-Friedhofskirche wurde gleichzeitig mit dem Tempel erbaut und hatte neun Glocken unterschiedlicher Größe. Die größte von ihnen, die 1807 gegossen wurde, wog 107 Pud 30 Pfund und war mit Darstellungen der Kreuzigung des Herrn, der Gottesmutter und des heiligen Nikolaus, des Wundertäters, geschmückt. Die Herstellungszeit und das Gewicht der zweitgrößten Glocke sind unbekannt. Die dritte Glocke, die 12 Pud wog, wurde 1786 in Ustyug gegossen. Die übrigen Glocken waren klein und unscheinbar.

In den 1960er Jahren wurde ein geheimes Dekret des ZK der KPdSU, unterzeichnet von Nikita Sergejewitsch Chruschtschow, zur Schließung von Kirchen in der UdSSR erlassen. Die lokalen Behörden mussten diese Anordnung ausführen. In Groß-Ustyug entschied man, dass die Prüfer nicht auf dem Friedhof gehen, und durch einen Beschluss des Exekutivkomitees vom 8. Januar und 6. Mai 1964 wurde die Prokopjewskaja-Kathedrale geschlossen, wobei nur die Stefan-Perm-Friedhofskirche für die Gläubigen übrig blieb. In diesem Zusammenhang musste in der Kirche eine Renovierung durchgeführt werden: der Ikonostase installieren, die Heizung einrichten, die Böden verlegen, die Wände reinigen und streichen, die Tempel bemalen, die Chöre, den Vorraum und die Pforte einrichten, die Außenwände weißeln und die Kreuze auf den Kuppeln streichen. Auch der Seitenaltar im Namen des Theodosij von Totma wurde abgeschafft, an seiner Stelle wurde die Reliquie des Gerechten Prokopius aus der Prokopjewskaja-Kathedrale aufgestellt.

In den Jahren 1965 und 1966 wurden das Dach und die Kuppeln des Tempels gestrichen, der Ikonostase im Stefan-Altar vergoldet, die Ikonen restauriert und die Nischen bemalt. Im Jahr 1970 wurden die Dächer neu gedeckt, der Ikonostase im Altar umgebaut, die Kapelle renoviert und die Kuppel bemalt. Allmählich erhielt die Stefan-Perm-Kirche wieder ein würdiges Aussehen für den Gottesdienst. Bis 1991 war dies die einzige aktive Gemeindekirche in Groß-Ustyug.