Le village de Varvarino, mentionné pour la première fois dans des documents de 1588, appartenait à Ivan Bogdanovich Miloslavsky. Le 6 mai 1689, un décret du patriarche a été émis pour la construction d'une église en pierre dans le village en l'honneur de la Nativité du Christ, avec une chapelle dédiée au prophète Élie, initiative du propriétaire du village, le stolnik Sergey Ivanovich Miloslavsky. En 1693, l'église était achevée : le 14 novembre de cette année-là, deux antimins ont été remis au prêtre Ioann dans la nouvelle église et la chapelle du prophète Élie. Après la construction de l'église, le village a reçu un deuxième nom, Rojdestvenskoe.

Lors de l'invasion de Napoléon, l'église a été pillée, des vases et d'autres objets ont été volés. En conséquence, elle a été consacrée à nouveau le 27 décembre 1813.

En 1856, la paroisse comptait 99 foyers avec une population de 398 hommes et 311 femmes. Le clergé était composé d'un prêtre, d'un diacre et d'un sacristain, qui vivaient dans des maisons en bois sur le terrain de l'église.

En 1864, une chapelle nord a été ajoutée à l'église en l'honneur du prince Alexandre Nevski. À côté de l'église se trouvait une petite maison de garde en bois, construite en 1910.

Le bâtiment en brique de l'église est réalisé dans le style baroque moscovite. À la base d'un édifice à une seule coupole sans colonnes, se trouvent : à l'est, une abside rectangulaire, à l'ouest, une salle à manger avec deux chapelles et un clocher à trois niveaux, érigé en 1903. L'abside de l'autel se termine par une petite coupole sur un socle à deux niveaux.

Les chapelles, construites à différentes époques, diffèrent par leurs dimensions et leur agencement. La chapelle sud a une finition d'autel en hémicycle, tandis que la chapelle nord est rectangulaire. Les deux chapelles sont couvertes de voûtes en berceau, tandis que la salle à manger et l'autel de la partie centrale de l'église sont dotés de voûtes en croix avec une claire-voie bien définie.

Les façades du bâtiment sont ornées de linteaux de fenêtres en brique et en pierre blanche avec des frontons brisés et des encadrements de portails. Sur les façades se trouvaient 15 grandes et 6 petites icônes, ces dernières étant probablement dans le tambour de la coupole centrale. Auparavant, des croix métalliques dorées à quatre branches avec des volutes et des demi-lunes étaient installées sur les coupoles de l'église, tandis que sur la chapelle nord et le clocher, des croix à huit branches sans décorations.

L'église abritait des icônes vénérées : les icônes de la Mère de Dieu de Smolensk et de Tikhvin, l'icône de la martyre Daria, offerte par la mère du fondateur de l'église, Daria Prokhorovna Miloslavskaya, et celle du prophète Élie.

Le six niveaux de l'iconostase de l'autel de la Nativité étaient ornés de colonnes dorées sculptées, de médaillons, de cadres et de chapiteaux. Les portes royales étaient en bois, sculptées, dorées, avec des images de saints et des gravures. Le sol de l'église était en dalles, tandis que dans les chapelles et la salle à manger, il était en pierre blanche. La décoration intérieure a été complètement perdue au XXe siècle, la peinture n'a pas été conservée.

Le 27 avril 1922, une saisie des biens ecclésiastiques a eu lieu dans l'église, dont le nombre et le poids sont inconnus. L'église contenait des couronnes en argent pour les icônes et un encensoir de 1786.

En 1923, les croyants ont soumis une demande d'enregistrement d'une communauté religieuse, qui a probablement été enregistrée, car des services religieux ont eu lieu jusqu'en 1938, lorsque le dernier prêtre, Alexandre Minervin, a été arrêté. Il a été condamné à mort au polygone de Boutovo, et en 2000, il a été canonisé parmi le chœur des nouveaux martyrs et confesseurs russes.

En 1938, l'église a été fermée et son bâtiment a été utilisé comme local de stockage pour un camp de pionniers.

En 1992, l'église a été restituée aux croyants, et les services religieux ont repris.

En raison d'une utilisation inappropriée du bâtiment pendant l'époque soviétique, l'église nécessitait une restauration. D'ici 2012, des travaux de plâtrage, de conservation contre la destruction, d'installation de nouvelles croix, de création d'un nouvel iconostase à cinq niveaux et d'un ensemble de cloches, la plus grande pesant 3000 kg, ont été réalisés. Le clocher a également été restauré. En 2016 et 2017, l'apparence originale des intérieurs a été partiellement restaurée, les coupoles et les croix ont été restaurées, la dorure des coupoles a été réalisée, les remplissages de fenêtres et de portes ont été recréés et le socle en pierre blanche a été restauré.

En 2017, l'église a été lauréate du concours "Restauration de Moscou" dans la catégorie "Meilleure organisation de travaux de réparation et de restauration".