L'église de la Nativité de la Vierge aux Sieny est l'un des plus anciens monuments architecturaux conservés du Kremlin. Construite en 1393-1394 à la demande de la princesse Eudoxie, veuve de Dmitri Donskoï, elle a probablement été érigée en mémoire de la bataille de Koulikovo. Cela est confirmé par le fait que le temple est dédié à la Nativité de la Vierge, dont la date coïncide avec le jour de la bataille. La nouvelle église a remplacé l'église en bois de la Résurrection de Lazare et servait de temple domestique à la partie féminine du palais princier.

L'église, réalisée en pierre blanche, a été conservée jusqu'à la moitié de la hauteur des murs avec le portail principal et une partie des fenêtres. Les colonnes rondes occidentales soutiennent la voûte du chœur, ce qui est confirmé par un escalier intérieur dans le coin nord-ouest. L'architecture du temple combine des éléments des écoles vladimirienne-souzdalienne et moscovite précoce, comme en témoignent les terminaisons en forme de kilée du portail et des fenêtres à rosace.

En 1395, le temple a été peint par Théophane le Grec et Daniel le Noir avec des élèves. En 1479, probablement à cause d'un incendie, le sommet du bâtiment s'est effondré, mais a rapidement été restauré. En 1514, Alévis le Nouveau a reconstruit l'église en raison de l'élévation d'un nouveau palais princier en pierre. L'ancien temple a été conservé comme sous-sol, et au-dessus, un nouveau volume avec le principal autel a été érigé. Le sous-sol a été attribué à la chapelle de Lazare. L'apparence du temple alévisien est connue grâce au dessin "Kremlenagrad" du début des années 1600, où il est représenté à trois coupoles avec trois absides et deux chapelles.

Entre 1681 et 1684, sous Fiodor Alexeïevitch, le temple a été radicalement reconstruit. Le temple alévisien a été remplacé par une église à une coupole avec un autel rectangulaire et une salle de banquet. La chapelle de Lazare a été supprimée, et au XVIIIe siècle, le sous-sol est devenu un entrepôt. En 1838, lors de la construction du Grand Palais du Kremlin, l'église de la chapelle de Lazare a été restaurée, et des détails éclectiques du XVIIe siècle ont été ajoutés à l'architecture du temple.

Une restauration fondamentale du plus ancien monument du Kremlin et de Moscou a été réalisée entre 1923-1928 et 1949-1952.