L'église Spaso-Transfiguration est la cathédrale de la communauté Spaso-Pesotskaya, qui a été rattachée au monastère de Yaakovlevsky en 1765. C'est l'un des plus anciens et des plus beaux temples de Rostov.

Le monastère Spaso-Pesotsky a été fondé au milieu du XIIIe siècle par la princesse Maria. En mars 1238, il a participé à la bataille sur la rivière Sit, où les troupes russes ont été vaincues par les Tatars. Le prince a été capturé et, refusant de se battre du côté de l'ennemi, a été tué. Restée avec deux jeunes fils, la jeune veuve a pris en main la gestion du duché et a régné jusqu'à la majorité des enfants.

En mémoire de son mari, la princesse Maria a construit l'église de la Transfiguration à la périphérie de Rostov et a fondé un monastère ici. Son nom est associé à la continuation de la chronologie locale, et elle est considérée comme l'auteure des textes chronologiques sur les princes martyrs Vasilko de Rostov et Mikhaïl de Tchernigov.

La mort de son mari n'a pas été la seule épreuve pour la princesse Maria. En 1246, son précepteur, le boyard Fiodor, et son père, le prince Mikhaïl de Tchernigov, ont été torturés dans la Horde, et ils ont été canonisés plus tard par l'Église russe. Le prince Vasilko a également été canonisé avec son cousin Alexandre Nevski et son neveu Roman d'Ouglitch. L'Église honore aussi le fils cadet du prince Vasilko et de la princesse Maria, le prince Gleb de Belozersk, qui a fondé la communauté Spaso-Kamenna sur le lac Kuben, ainsi que sa sœur, la bienheureuse Euphrosinia de Souzdal. Le bâtiment actuel de la cathédrale a été construit au XVIIe siècle à l'emplacement de l'ancienne structure en bois. Ici reposent la princesse Maria et son fils, le prince Gleb de Belozersk, ainsi que le supérieur du monastère Spaso-Yaakovlevsky, l'évêque Amfilokhiy, un érudit connu et collectionneur de manuscrits anciens.

À la fin des années 1870, une église du bienheureux Serge de Radonège a été fondée dans la crypte de l'église Spassky. L'idée de sa création appartenait à l'archimandrite Hilarion, et les fonds pour la construction ont été donnés par le paysan Ivan Alexeïevitch Rouliev. Le 4 octobre 1887, l'église Serge a été consacrée par l'archevêque Ionafan. Le monastère Spaso-Yaakovlevsky a ainsi eu un autel consacré à l'un des saints les plus vénérés de la Russie ancienne. Amfilokhiy, un chercheur renommé en archéographie et paléographie slaves et grecques, a laissé de nombreux travaux sur la philologie et l'histoire. Il était membre de diverses sociétés historiques et archéologiques et membre d'honneur des académies spirituelles. C'est sous l'évêque Amfilokhiy que l'église Spassky a été décorée de scènes de l'Apocalypse.

À l'époque soviétique, le monastère Spaso-Yaakovlevsky a été dissous, et l'église Spassky est tombée en ruine, peut-être utilisée comme entrepôt ou pour des besoins domestiques.

La renaissance de l'église Spassky a commencé avec la restauration du monastère. Les travaux de restauration principaux ont été réalisés en 2008-2009. En 2009, à l'occasion du 300e anniversaire de la mort du saint Dimitri de Rostov, l'église Spassky a été entièrement rénovée.

Le bâtiment a été équipé du chauffage, des planchers chauffants ont été installés aux deux étages, et un câblage électrique moderne a été mis en place. Les pertes dans la maçonnerie ont été restaurées, les fissures ont été remplies de mortier, et les attaches en fer ont été renforcées. L'ancienne plâtrerie a été remplacée par une nouvelle, l'église a été blanchie, les coupoles et les toits ont été peints. Les cadres de fenêtres ont été remplacés, les fenêtres et portes brisées ont été scellées, et une nouvelle entrée a été aménagée du côté ouest avec un perron en pierre.

Le premier étage, où il est prévu de rétablir l'église Serge, et l'étage supérieur, où l'autel du Sauveur Tout-Miséricordieux a été consacré, ont également été restaurés.

La consécration de l'église Spassky a eu lieu le 14 août 2009 par l'archevêque Kirill. Après de longues années d'abandon, la première Divine Liturgie a été célébrée ici. En 2018, une exposition sur le métropolite Dimitri de Rostov a eu lieu dans l'église. L'église, habituellement fermée, a été ouverte aux visiteurs, et des visites guidées ont été organisées, racontant l'histoire, l'architecture et les fresques, ainsi que les personnalités remarquables qui lui sont liées.