Spécialement vingt ans après la fondation d'Orenbourg, la ville comptait environ dix églises, grâce aux efforts du premier gouverneur I. I. Nepluev. L'une des premières était l'église au nom des apôtres Pierre et Paul, érigée à l'initiative de Nepluev pour la garnison de serfs, lorsque le bataillon du régiment de Nijni Novgorod fut transféré ici depuis Oufa avec la bénédiction de l'évêque de Kazan et de Sviyazhsk, Luka.

La construction de l'église a commencé en 1757, et en 1760, elle a été consacrée. Le temple en pierre avec ses voûtes élégantes était considéré comme l'un des meilleurs de la ville après les cathédrales de la Transfiguration et de l'Introduction. Cependant, à la suite d'un grand incendie en 1786, le bâtiment a été gravement endommagé et est resté en ruines pendant longtemps. Il était prévu de le démolir, mais cela a été empêché par le gouverneur militaire Grigori Semyonovich Volkonsky.

En 1804, Volkonsky s'est adressé à l'empereur Alexandre Ier avec une demande de restauration de l'église militaire, car des régiments étaient constamment présents dans la ville. L'empereur a satisfait la demande, et des fonds ont été alloués par le trésor, avec lesquels le gouverneur a non seulement restauré l'église, mais a également ajouté une chapelle en pierre de la Croix-Glorieuse. Les objets liturgiques de l'ancienne église en bois de la Croix-Glorieuse, qui avait brûlé, ont été transférés ici, conservés dans la cathédrale de l'Introduction. En 1809, le temple a été à nouveau consacré. L'année suivante, par ordre du gouverneur, tous les militaires et fonctionnaires de la ville ont été rattachés à la paroisse de l'église, et en 1831, le corps des cadets de Nepluev, qui n'avait pas d'église jusqu'en 1852, a également été rattaché. Le temple nouvellement consacré se distinguait par un grand couloir d'entrée en verre. L'église était entourée d'une clôture, à l'intérieur de laquelle se trouvait la tombe du gouverneur militaire d'Orenbourg, Pavel Petrovich Sukhtelen, décédé en 1833.

En 1853, l'église a renouvelé son iconostase, ajouté de nouvelles fresques et acquis de nouveaux objets liturgiques. Le temple de Pierre et Paul était à statut unique, mais après son transfert du ministère militaire au diocèse, il est devenu à statut double.

En 1922, le bâtiment de l'église a été remis à la Maison de l'Armée Rouge pour un club. Au début des années 1940, le temple a été complètement démoli. Il se trouvait à l'angle des rues Sovetskaya et Krasnoznamennaya. Aujourd'hui, à cet endroit se trouve le square nommé d'après Polina Osipenko, aviatrice et Héros de l'Union soviétique, où en 1998, en mémoire de la rencontre à Orenbourg de deux grands écrivains russes, un monument a été érigé à A.S. Pouchkine et V.I. Dal'.