L'église de saint Nicolas à Varzuga fait partie de l'ancien vaste paroisse de Petropavlovsk de Varzuga, située des deux côtés de la rivière éponyme. Aujourd'hui, c'est le territoire du district de Tersky dans la région de Mourmansk, qui s'étend le long de la côte de la mer Blanche sur la péninsule de Kola. Dans l'Antiquité, la région était également appelée « Toury », désignant l'ensemble de la péninsule. Les premières colonies slaves sont apparues ici dès le XIIe siècle, principalement composées de personnes originaires des terres de Novgorod et de Rostov-Souzdal. Aux XIVe et XVe siècles, des possessions de puissants boyards novgorodiens s'y trouvaient déjà. En 1471, toutes ces terres sont passées sous le pouvoir du grand prince de Moscou, Ivan III Vassilievitch. Depuis 1486, de vastes terres dans les régions de Tersky appartenaient au monastère de Solovetsky, puis aux monastères d'Antoniev-Siy et de Spaso-Prilutsky. Jusqu'en 1682, le territoire faisait partie de l'évêché de Novgorod, puis de celui de Kholmogory et de Vazhsky.

Aux XV-XVIe siècles, le village de Varzuga était considéré comme l'un des plus grands sur la « Côte de Toury ». Selon l'inventaire de 1563, il occupait les deux rives de la rivière et avait trois églises en bois : celle de saint Nicolas et celle des apôtres Pierre et Paul sur la rive gauche, où se trouvait la majeure partie du village, et celle de l'Assomption de la Sainte Vierge sur la rive droite de la rivière Varzuga. L'église de l'Assomption, la plus connue, existait déjà auparavant ; la première mention de celle-ci date de 1491. Cela est confirmé par le document de tarhane de l'archevêque de Novgorod, Gennady, qui exemptait l'église de Varzuga, appartenant au monastère de Solovetsky, des collectes archiépiscopales. On pense que ce document concerne l'église de l'Assomption, bien qu'il y ait un avis selon lequel il s'agit de l'église de Nicolas avec une chapelle de l'Assomption de la Sainte Vierge. En 1575, toutes ces églises sont mentionnées comme abandonnées. La raison de cette désolation était la campagne punitive d'oprichnina de 1565, connue sous le nom de « Bassargine pravyezh ». Ce n'est qu'à la charnière des XVIe et XVIIe siècles que deux autres églises ont été construites dans la paroisse. En 1597, « l'année 7105, mois d'avril, le 10e jour », l'église d'Afanasy a été érigée, suivie peu après par celle de Zosimo-Savvatiy. Au XIXe siècle, deux clochers existaient près des églises.

Sur cinq églises, quatre ont survécu jusqu'à nos jours dans un état de conservation variable ; l'église au nom des saints Zosima et Savvatiy de Solovetsky a été démolie vers 1877. Elles constituent les complexes des églises de l'Assomption et de Nicolas. Parmi les deux clochers, il ne reste qu'un seul, près de l'église de l'Assomption de 1674. Les trois autres églises ont été plusieurs fois reconstruites. L'église actuelle de saint Afanasy le Grand, faisant partie du complexe de l'Assomption, date de 1877, tandis que celle de Petropavlovsk date de 1864.

L'église de saint Nicolas avec la chapelle du prophète Élie est mentionnée pour la première fois en 1491, lorsqu'elle a été « renouvelée » à l'emplacement d'une plus ancienne église des moines du monastère de Solovetsky. Au XVIe siècle, l'église est mentionnée à plusieurs reprises dans les livres de cadastre. Il est probable qu'à cette époque, une chapelle au nom de l'Assomption de la Sainte Vierge existait. Les informations sur son apparence et ses rénovations jusqu'à la fin du XVIIe siècle n'ont pas encore été trouvées. Néanmoins, l'église actuelle a été reconstruite en 1705 grâce aux fonds des habitants locaux et a été consacrée les 28 et 29 juin selon le calendrier ancien. La nouvelle église était un bâtiment quadrangulaire avec un toit à quatre pentes, surmonté de cinq coupoles, dont une couronnait la chapelle. En 1851, une galerie a été ajoutée à l'église du côté ouest du bâtiment. En 1885, un nouveau clocher a été érigé à l'emplacement de l'ancien clocher vétuste près des églises de saint Nicolas et des apôtres Pierre et Paul, mais il n'a pas survécu jusqu'à nos jours.

L'ensemble des cloches se composait de sept anciennes cloches des XVIIe et XVIIIe siècles. En 1694, un habitant de Kargopol a fait don d'une petite cloche : « En 202, j'ai acheté cette cloche pour l'église de Pierre et Paul et de Nicolas le Miracleux dans la volost de Varzuga avec l'argent de l'église, Ivan Andreyevich Popov de Kargopol, pesant 25 p. 11 f. ». Une autre cloche pesant 13 pouds a été fondue en 1755 : « Cette cloche a été fondue pour l'église de Nicolas le Miracleux à Varzuga, 1755. Fondue par le maître Ivan Khristoforov ». La troisième cloche, pesant 125 pouds, a été fondue par des maîtres de la célèbre famille de fondeurs Lodygins : « Cette cloche a été fondue par les maîtres Yakov et Ivan Lodygins ». La date de la fonte est inconnue, mais sur la base des données sur l'activité des maîtres de cette famille, elle peut être datée de la fin du XVIIe siècle ou du début du XVIIIe siècle.

Au XXe siècle, le sort des églises de la paroisse de Varzuga a été triste. Sur quatre églises, seule l'église de l'Assomption a été restaurée à ce jour. Les deux églises du côté de Nicolas sont dans un état lamentable sans coupoles, bien que des services religieux aient lieu dans l'église de Petropavlovsk lors des jours de fête. L'église de saint Nicolas est encore utilisée comme magasin, accessible par l'autel.