Die Kirche des Heiligen Nikolaus im Dorf Warzuga ist Teil der einst umfangreichen Peterspaulskirche von Warzuga, die sich an beiden Ufern des gleichnamigen Flusses erstreckte. Heute gehört dieses Gebiet zum Terra-Kreis der Murmansk-Region, der sich entlang der Küste des Weißen Meeres auf der Kola-Halbinsel erstreckt. In der Antike wurde die Region auch "Turiy" genannt, was die gesamte Halbinsel bezeichnete. Die ersten slawischen Siedlungen hier entstanden bereits im 12. Jahrhundert, hauptsächlich von Auswanderern aus den Gebieten Nowgorod und Rostow-Susdal. Im 14. und 15. Jahrhundert gab es hier bereits Besitztümer einflussreicher Nowgoroder Bojaren. 1471 gingen all diese Ländereien unter die Herrschaft des Großfürsten von Moskau, Iwan III. Wassiljewitsch. Ab 1486 gehörten die ausgedehnten Ländereien im Terra-Gebiet dem Solowezki-Kloster und später dem Antoniew-Sijskij und dem Spaso-Prilutskij Kloster. Bis 1682 gehörte das Gebiet zur Eparchie Nowgorod, dann zur Eparchie Cholmogory und Wajeski.

Im 15. und 16. Jahrhundert galt das Dorf Warzuga als eines der größten am "Turiy-Ufer". Laut der Beschreibung von 1563 erstreckte es sich über beide Seiten des Flusses und hatte drei hölzerne Kirchen: die des Heiligen Nikolaus und der Apostel Petrus und Paulus am linken Ufer, wo sich der größte Teil des Dorfes befand, und die der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter am rechten Ufer des Warzuga-Flusses. Die Himmelfahrtskirche, die bekannteste, existierte bereits zuvor; die erste Erwähnung datiert auf das Jahr 1491. Dies wird durch das Tarhanskaja-Dokument des Erzbischofs von Nowgorod Gennadij bestätigt, das die Warzuga-Kirche, die dem Solowezki-Kloster gehörte, von den Erzbischofsamtsgebühren befreite. Es wird angenommen, dass dieses Dokument sich auf die Himmelfahrtskirche bezieht, obwohl es auch die Meinung gibt, dass es sich um die Nikolauskirche mit dem Altar der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter handelt. 1575 werden all diese Kirchen als verlassen erwähnt. Der Grund für die Verwüstung war der oprichnina Strafzug von 1565, bekannt als "Basargin-Pravezh". Erst an der Wende vom 16. zum 17. Jahrhundert wurden im Pfarrgebiet zwei weitere Kirchen erbaut. 1597, "im Jahr 7105, im Monat April am 10. Tag", wurde die Afanassij-Kirche errichtet, und etwas später die Zosimo-Savvatij-Kirche. Im 19. Jahrhundert gab es zwei Glockentürme bei den Kirchen.

Von fünf Kirchen sind bis heute vier in unterschiedlichem Erhaltungszustand erhalten geblieben; die Kirche zu Ehren der Heiligen Zosima und Savvatij von Solowetz wurde um 1877 abgerissen. Sie bilden die Himmelfahrts- und Nikolauskirchenkomplexe. Von den beiden Glockentürmen ist nur einer erhalten geblieben, der bei der Himmelfahrtskirche von 1674. Die anderen drei Kirchen wurden mehrfach umgebaut. Die heute bestehende Kirche des heiligen Afanassij, die zum Himmelfahrtskomplex gehört, stammt aus dem Jahr 1877, während die Peterspaulskirche aus dem Jahr 1864 stammt.

Die Kirche des heiligen Nikolaus mit dem Altar des Propheten Elia wird erstmals 1491 erwähnt, als sie an der Stelle einer älteren Kirche des Solowezki-Klosters "wiederhergestellt" wurde. Im 16. Jahrhundert wurde die Kirche mehrfach in den Katasterbüchern erwähnt. Wahrscheinlich gab es in dieser Zeit einen Altar zu Ehren der Himmelfahrt der Heiligen Gottesmutter. Informationen über ihr Aussehen und ihre Wiederherstellungen bis zum Ende des 17. Jahrhunderts wurden bisher nicht gefunden. Dennoch wurde die heute bestehende Kirche 1705 mit Mitteln der Einheimischen neu erbaut und am 28. und 29. Juni nach dem alten Stil geweiht. Die neue Kirche war ein quadratischer Block mit einem Dach mit vier Neigungen, gekrönt von fünf Kuppeln, von denen eine den Altar krönte. 1851 wurde an der Westseite des Blocks eine Galerie angebaut. 1885 wurde an der Stelle des maroden Glockenturms bei den Kirchen des heiligen Nikolaus und der Apostel Petrus und Paulus ein neuer errichtet, der jedoch bis heute nicht erhalten geblieben ist.

Der Glockensatz bestand aus sieben alten Glocken des 17. und 18. Jahrhunderts. 1694 spendete ein Bewohner von Kargopol eine kleine Glocke: "Im Jahr 202 kaufte dieser Glocke für die Kirche von Petrus und Paulus und Nikolaus des Wundertäters in der Warzuga-Gemeinde mit kirchlichen Geldern der Kargopol Iwan Andrejewitsch Popow, Gewicht 25 Pfd. 11 Lot." Eine weitere Glocke mit einem Gewicht von 13 Pfd. wurde 1755 gegossen: "Diese Glocke wurde für die Kirche des Nikolaus des Wundertäters in Warzuga gegossen, 1755. Goss der Meister Iwan Christoforow." Am interessantesten ist die dritte Glocke mit einem Gewicht von 125 Pfd., gegossen von Meistern aus der bekannten Gießerfamilie Lodygins: "Diese Glocke gossen die Meister Jakow und Iwan Lodygins." Das Gießdatum ist unbekannt, aber basierend auf den Daten über die Aktivitäten der Meister dieser Familie kann sie auf das Ende des 17. und den Beginn des 18. Jahrhunderts datiert werden.

Im 20. Jahrhundert war das Schicksal der Kirchen der Warzuga-Gemeinde traurig. Von vier Kirchen wurde bisher nur eine, die Himmelfahrtskirche, restauriert. Beide Kirchen auf der Nikolaus-Seite befinden sich in einem beklagenswerten Zustand ohne Kuppeln, obwohl in der Peterspaulskirche an Feiertagen Gottesdienste abgehalten werden. Die Kirche des heiligen Nikolaus wird bis heute als Geschäft genutzt, in das man durch den Altar eintritt.